Ruizheng 的学习笔记

感谢 生信技能树 小洁老师

熟悉R语言

R语言相对简单

• 很重要
• 很简单
• 适合生物学家

R语言核心：用 函数 处理 数据

什么是R

R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，能够提供强大的功能。

• 开源免费
• 简单有效
• 数据处理、清理和存储
• 统计与可视化

什么是Rstudio

R语言的 集成开发环境
图形界面
学习工具
科研用途免费
开源

正确打开Rstudio的方式

新建一个 R project

• 认识 R studio 的界面 Script Environment Files
• 调一下皮肤 Global options > Appearance
• 人机互动 控制台 session
• 快速退出 Ctrl + Q
• 脚本
  1. 脚本运行 run OR Ctrl + Enter (win10) / Command + Enter (Max)
  2. 脚本注释 #
  3. 脚本保存、关闭，包括各种文件的保存和读取，都在 R project 位置所在文件夹 进行

理解一段代码

x1 = read.csv("x.csv") # 读取csv
head(x1) # 查看前6行

pdf("x.pdf") # 新建一个 pdf
plot(x1$len,col = factor(x1$dose)) # 画个简单的散点图
title("Have a try") # 加个标题
dev.off() # 结束

write.table(x1,"x.txt") # 保存成txt

R语言的几类命令响应

1. 输出结果
2. 报错：error > 检查环境、命令，修正后重新运行
3. 警告：warning > 忽略
4. “没反应” > 出现 “>" 后继续后续操作即可
5. 命令正在运行 > 等
6. 命令不完整 > 写完命令 / Esc 退出重新写
7. 出现提示信息 > 检查提示信息里面是否有 Error， 没有的话可以忽略
8. 进一步选择 > 进行选择，不然无法进行下一步

数据类型

1. 数值型：1.3, 2
2. 字符型："a", "nn"
3. 逻辑型： T, F, NA

class()      # 判断数据类型

常见报错：引号、拼写错误、大小写

关注逻辑值数据

• 比较运算 的结果是逻辑值
  eg. >, <, <=, >=, ==, !=
• 逻辑运算 多个逻辑条件的连接与 &、或|、非!
  eg. !3 == 4 TRUE

数据类型的判断与转换

is族函数，判断，返回值为 TRUE 或 FALSE

is.numeric()
is.logical()
is.charactor()

as族函数实现数据类型之间的转换

as.numeric()
as.character()
as.logical()

多个数据如何组织

数据结构

• 向量：一个向量只能有一种数据类型，视为一个整体
• 数据框
• 矩阵
• 列表

切换 Rproject

先
保存、关闭 脚本、变量和图片
再
file > open project

有弹窗选择 don't save/no
保存有用的文件，不要让工作空间变得臃肿

脚本打开是乱码的解决方案

file > Reopen with Encoding > UTF-8 > OK

向量的生成

1. 用c() 逐一放到一起

c(2,5,6,2,9)
c("a", "f", "md", "b")

2. 连续的数字用冒号 ":"

1:5

3. 有重复的用rep(), 有规律的序列用seq(), 随机数用rnorm()

rep("gene", times = 3)
seq(from = 3, to = 21, by = 3)
rnorm(n=3)

4. 通过组合，产生更为复杂的向量

paste0(rep("gene", times =3), 1:3)

作业

第一天的作业

1. 强行合并数据类型：字符+其他—都变成字符，逻辑+数值—逻辑会转换成数值， NA保留
2. seq(4, 30, 4)
3. paste0(rep("sample"), seq(4,30,4))