IGV需要的文件：比对文件为                   bam和bam.bai文件

                           参考基因组文件为         .fa文件

比对文件处理：sam -> bam

                                        -> bam.sorted

                                                                   -> bam.bai

（三步）

代码：samtools view-bS abc.sam>abc.bam    （最终samtools view -Sb -T /mnt/S30/database/tair10/tair10.fa one_pair._2sam >sample_with_header.bam）

           samtools sort tmp.bam -o tmp.bam.sort （最终 samtools sort sample_with_header.bam -o sample_with_header.bam.sort）

                                                                                 【修改：注意因为要从服务器下到windows上看，最好把它写成xxx.bam，不然windows识别不出】

           samtools index abc.bam.sort （最终 samtools index sample_with_header.bam.sort）

实操：

问题1

需要header

解决方法：pysam有加header的方法，这次先手动复制。 不行

                  samtools view -Sb -T genome.fa sample_no_header.sam >sample_with_header.bam（https://flystar233.github.io/2018/11/20/sam-header/）  成功

sam无head则无法将sam转bam，但使用 -T（用参考基因组的）可解决

参考

另记：bam没header时也有办法加

samtools reheader 的方法

或者转时加上-h

不能用 -n

不能-n

否则会出以下错误：

sort时加 -n会有问题

IGV使用注意：

1.文件路径不能有中文

2.bam和.bai文件同时都需要，放一个文件夹比较好。

参考

全部加载后双击能查看

结果

结果看起来挺有意思

下一步是解读结果。目前看似乎是接近想要的结果。