花了2个多小时终于编译安装好了openbabel的python接口。
整理要点如下：
- 要安装openbabel的python接口必须先安装Eigen
git clone https://gitlab.com/libeigen/eigen.git
openbabel的版本需要用最新的2.4.1，低版本如果用GCC 5以上进行编译会有bug。openbabel的2.4.1的链接是：
https://sourceforge.net/projects/openbabel/files/openbabel/2.4.1/
如果用GCC 4可能可以编译通过openbabel的低版本，但是我没有测试过。编译安装openbabel
cd openbabel-2.4.1
mkdir build
cd build
cmake .. -DPYTHON_BINDINGS=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/share/apps/openbabel/2.4.1 -DEIGEN3_INCLUDE_DIR=/home/share/codes/eigen
make -j4
make install
PYTHON_BINDINGS用来开启python接口的编译
CMAKE_INSTALL_PREFIX用来指定openbabel将要安装的路径
EIGEN3_INCLUDE_DIR用来指定在上一步安装的eigen的路径
- 安装完之后需要设置python环境变量才能在python中正常使用
export PYTHONPATH=${babel_installation_path}/lib/python2.7/site-packages:${PYTHONPATH}
其中babel_installation_path是openbabel的安装路径。
可选择将上述语句加入到~/.bashrc文件。
- 在python中输入
import openbabel可测试是否安装成功
