Methods：

TCGA LIHC是训练集

320例HCC（208个实验集，112个验证集）的RNA-seq

CIBERSORT

RCS（restricted cubic spline）限制性三次样条

LASSO COX

X-tile

Results

1. Immunescore+验证

1a. TCGA训练集、实验集、验证集的临床特征表

1b. CIBERSORT：LM22细胞比例

1c. LASSO筛出5个immune cell建立immune score

1d. IHC验证这5种immune cell（肿瘤core vs 边缘stroma比较）+代表图片

1e. 单因素COX证明stromal immune cell与OS和RFS有关

1f. 通过testing cohort的多因素COX，构建公式ISOS、ISDFS

1g. IS cut off值的X-tile图，划分IS-A和IS-B亚群

2. 基质免疫亚型与预后的关系

2a. Immune score与生存状态、immune cell的表达（z-score的关系）：TCGA、testing、validation队列

2b. 两个亚型的KM曲线（三个队列）

2c. 单因素和多因素COX：证明免疫分型是独立的预后因素

2d. AUC曲线证明immune score在三个队列预测生存的准确性

3. 构建nomogram

3a. 构建OS和DFS的列线图 + 1、3、5年生存的ROC曲线+校正曲线

3b. 与TNM分期、BCLC分期预后ROC曲线的比较

4. 免疫亚型与BP和免疫检查点的关系

4a. GSEA分析两个亚群的通路富集

4b. IHC：两个亚型的常见免疫检查点和共刺激分子（OX40、CTLA-4、LAG-3、TIM-3、PD-L1、PD-1）

5.  免疫亚型相关的突变事件（TCGA）

5a. OS两个亚型的突变瀑布图

5b. 突变富集的通路