使用perl语言计算fasta序列长度

Fasta序列长度的计算的原理就是将不同染色体长度存入哈希，最后用length去计算哈希元素（字符串）的长度。

• perl脚本如下：

#!/usr/bin/env perl
use strict;

my($name, %seq );
open IN, $ARGV[0];
die "Need the input fasta." if( ! defined $ARGV[0] );
while(<IN>){
        chomp;
        if( /^>(\S+)/ ){            #匹配染色体的名字
                $name = $1;
        }
        else{
                $seq{$name} .= $_;
        }
}
close IN;

print "[ INFO ] Length Infomation:\n\n";
foreach$name(sort{$a cmp $b} keys %seq ){
        print "Name: ".$name."\tLength: ".length($seq{$name})."\n";
}
print "\n";

• 将上述代码写入length文件，并chmod a+x给length文件命令，给length文件添加可执行权限，我们就可以直接运行以下命令：
  
  计算油菜基因组染色体长度