进入WDL官网 : WDL User Guide =>Tutorials=>(howto) Install software for WDL workshops
1.点击下载wdltool，所下载版本为wdltool-0.14.zip，
该文件所需scala-2.12.1,sbt-0.13.12;
2.需要先安装scala，进入官网 下载linux所需版本: .tgz格式
安装：$ tar -xzvf scala-2.12.1.tgz
添加环境变量：
$ export PATH=/home/your/scala-2.12.1/bin:$PATH
3.进入sbt官网
安装sbt-0.13.12
$ echo "deb https://dl.bintray.com/sbt/debian/" | sudo tee -a /etc/apt/sources.list.d/sbt.list
$ curl -sL "https://keyserver.ubuntu.com/pks/lookup?op=get&search=0x2EE0EA64E40A89B84B2DF73499E82A75642AC823" | sudo apt-key add
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install sbt=0.13.12
4.#当时我安装完以上两个软件后再安装wdltool时会报错提示缺少sbt-git
所以去github上下载sbt-git :
安装sbt-git-1.0.0.tar.gz;
$ tar -xzvf sbt-git-1.0.0.tar.gz
$ cd sbt-git-1.0.0
$ sbt
5.最后安装wdltool-0.14
$ unzip wdltool-0.14.zip
$ cd ~/wdltool-0.14
#删除掉wdltool-0.14/project/plugins.sbt 中的 addSbtPlugin("com.typesafe.sbt" % "sbt-git" % "0.8.5")替换成下面这行。
#Add the following to your /home/your/wdltool-0.14/project/plugins.sbt file:
addSbtPlugin("com.typesafe.sbt" % "sbt-git" % "0.9.3")
sbt assembly
$ sbt test
$ cd /home/your/wdltool-0.14/target/scala-2.12
$ java -jar wdltool-0.14.jar
6.安装Cromwell-47.tar.gz
$ tar -xzvf Cromwell-47.tar.gz
7. WDL是一种流程管理语言，内置的支持并行，适合编写pipeline 。运行wdl脚本需要两步：第一步编辑参数列表对应的json文件，第二步直接运行Cromwell.jar。
#这里不再介绍wdl的使用方法，大家可以按照官网上给的GATK的例子尝试运行。
$ vim hello.wdl #编写你的wdl文件。
$ java -jar womtools.jar inputs hello.wdl > hello.json #生成json文件
$ java -jar ~/cromwell/cromwell-47.jar run hello.wdl -i hello.json #运行流程
