小智在成为神奇宝贝大师的路上经过了无数风风雨雨，因为各种各样的事情，有些他珍视的神奇宝贝最后也被寄存在了某处，像老喷就在喷火龙山谷一直历练，杰尼龟被借到了消防队中行动，不过它们还有机会回到小智的身边，但一些被放生的小精灵恐怕有生之年再也看不到了。括号内的名字为如今的官方译名。
巴大蝴（巴大蝶）
小智最初的实力能收服的也就是像绿毛虫这些家门口的虫系神奇宝贝了，虽然进化得很快，但似乎实力不算很强，那场在常磐森林进行的两只铁甲蛹绝招变硬之间的对战，也还经常成为小伙伴们的笑谈，记忆中它从来没为小智带来过胜利。巴大蝴最终遇上了心爱的粉色巴大蝴相携远去，小智虽然有很多不舍但也没有过多挽留。
比雕（大比鸟）
比雕进化前的比比鸟也是小智最初收服的神奇宝贝之一，它被收服后也开启了小智飞行系神奇宝贝大师之路，很多小伙伴笑称如果小智成为了四大天王之一，他一定是飞行系天王，因为他的飞行系队伍实力实在是太强了。在对抗烈雀的战斗中，小智将其放生到了森林中，并称办完事就很快回来，可是后来小智再也没见过它，比雕只在回忆中出现过一两次。
火爆猴（火暴猴）
小智等人在前往城镇的路上遇到的猴怪，调皮的猴怪抢走了小智的帽子和他们的午餐，小智生气后派去小火龙与他战斗，要收服这只不听话的猴怪，结果把猴怪激怒进化成了火爆猴，不过最后小智还是收服成功了。之后到达的城镇火爆猴被派出参加了一场格斗神奇宝贝竞赛，还成功取得了冠军，最后小智把火爆猴交给了他人培养。
乘龙（拉普拉斯）
在橘子群岛时，小智因为剧情需要一只能骑乘的神奇宝贝，于是他收服了乘龙。小智的乘龙非常温顺，在神奇宝贝的战斗中，它只与耿鬼战斗过，还打成了平手。小智在橘子群岛旅行之后将其放生回乘龙群中，最后小智还再次遇见了它，再次遇到之时乘龙已经成为了群族中的队长。
由基拉（幼基拉斯）
它最开始是一颗蛋，孵化后成为了由基拉，但小智并没有选择收服它，这可以说是一大遗憾，这毕竟是小智得到的第一只准神级神奇宝贝，它的最终进化型班吉拉实力非常强悍。最后这只被小智放生到了白银山的野生保护区，和野生的班吉拉生活在一起。说实话由基拉的体重有70多千克，但小智可以毫不费力的一直抱着它，真不愧是超级真新人。
黏美露龙（黏美龙）
在湿地一战后，黏美龙表露愿望希望留在湿地中，于是小智满足了它的愿望，但小智承诺一定要拿到卡洛斯联盟的优胜，还和它约定到时候并肩作战，最后只实现了并肩作战的承诺。黏美龙是小智的常胜将军，在被小智留在湿地之前一直保持着全胜的战绩，不愧是准神，实力不容小觑。
忍者蛙（甲贺忍蛙）
最让人不舍的便是小智的忍者蛙了，他们两个在一起燃起了很多人的热血，尤其是小智版忍者蛙的实力，可以说是小智拥有的神奇宝贝中的历史实力之最了，小智和忍者蛙的羁绊现象也成为了神奇宝贝未解之谜。在卡洛斯联盟后的骚动结束后，忍者蛙留在了那里帮助小软消灭巨大植物。期待忍者蛙和小智的再一次相见，小智放生的哪一只神奇宝贝最让你觉得不舍？
