直接计数法
“贴壁”细胞计数：这里所谓的“贴壁”是指细胞穿过膜后，可以附着在膜的下室侧而不会掉到下室里面去。可以通过给细胞染色，可在镜下计数细胞
* 用棉签擦去基质胶和上室内的细胞；
* 染色：常用的染色方法有结晶紫染色、台靡蓝染色、Giemsa染色、苏木精染色、伊红染色等。
* 细胞计数：使用正置显微镜进行观察和拍照，把Transwell小室反过来底朝上就可清楚看到小室底膜上下室侧附着的细胞。也有不少人用手术刀将膜切下后染色，再贴在玻片上，滴二甲苯，再盖上盖玻片，就可以长期保存，但是这样做小室就成了一次性的了，未免有点浪费。（取若干个视野计数细胞个数。一般采用3-5个视野，也有人用10个，都是随机选取。）
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间接计数法
由于某些细胞自身的原因或某些膜的关系，有时细胞在穿过膜后不能附着在膜上，而是掉进下室。 间接计数法主要用于穿过细胞过多，而无法通过计数获得准确的细胞数所采用的方法，与常用的MTT实验是同样的原理。
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- MTT法
用棉签擦去基质胶和上室内的细胞；
24孔板中加入500µl含0.5mg/ml MTT的完全培养基，将 小室置于其中，使膜浸没在培养基中，37℃ 4h后取出。
24孔板中加入500µl DMSO，将小室置于其中，使膜浸没在DMSO中，振荡10min，使甲湃充分溶解。取出小室，24孔板于酶标仪上测OD值。
- 荧光试剂检测 这类方法一般是与Transwell小室一起出售的，其原理与MTT法类似，是用一种荧光染料染细胞，再将细胞裂解，检测荧光值。Chemicon的ECM554即属于这类。
- 结晶紫检测 上文已说过，这里不再赘述，原理与MTT法也是类似的。但结晶紫染色还有个优点，就是染色和脱色的过程并不影响膜上细胞，在脱色后还可重新染色。
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