第三章：明代管理大运河的行政机构
1380年，明洪武废除了丞相，整个明代没有首相。
明的中央政府：有六部：吏、户、礼、兵、刑、工，与通政使司，大理寺和都察院俗称九卿。军队：陆军水师设卫。五军都督府（中、前、右、左、后军都督府）设都指挥使司（卫所的省级管理机构）。
1471年，设总督河道衙门，长官为总督河（总河）。
1505年后，都御史衙总理河道。
1404年，设武职，漕运总兵官。
在省级机构中，明设布政使，提刑按察使和都指挥使掌管最高行政长官之权，在省行政长官出缺时，都察院左右都御史可任巡抚。
漕运大通后，随海运专营河运，漕运总兵官陈瑄的军事统治强化了总兵官的地位。
在15世纪中叶，1439年，以济宁为界，漕运南段由一名侍郎总理，北段由一名都察院副都御史管辖，军事性质弱化。
漕运总督出缺时，由吏部从候选人中任命，（总督的权力逐渐大于漕运总兵官，六年一轮换）原有职务一般会保留，大都为各部侍郎。一般，漕运总都的官品低于尚书。设置伊始，即同时担任巡抚。大部分巡查地区与大运河无关，包括凤阳（洪武出生地）。但，在1472-1473，1513-1517，1557-1561年只设巡抚，以免除其地方性职责。总之，漕运总督的职责并没有明确规定。
1471年河道总督一职制度化（王恕）。
漕运总兵官是武职能得到的最高级别的驻外官职之一。军事系统中世袭制度影响任命，渊源于卫所军队，但是独立的军队组织，漕军护卫漕粮，漕运总兵官不能随意离开住所，两者之间并无什么联系。
临清，南京，清江浦设有三个般坞（管理由清江浦工部分司郎中负责），职责：值得保持河道畅通，管理好五座水闸，打造运输漕粮的船只。设检查站，实行实物能行税，后被钱币征收替代。
明官僚体系分为几大部分：有文官/军事，京官/地方官，尚书大臣/朝廷特派官员，下层官僚体制运行顺畅。
清江工部分司下属的判官和主簿，由其下的老人管理劳役，劳役 负责漕河河道维修。刑部任命漕运理刑主事（在漕运总官领导下工作）。
户部参于漕运原因有二：第一，国家收入很大一部分来自于漕运：设各种粮仓，户部侍郎或户部尚书本人负责；第二，沿河道征税即运河通行税，税率是根据船头宽度而定（往来船只是正方形的），设在漕河或江南的运河上，有战略意义，征税官员为防腐败只任命一年。
督仓御史或是运御史参与漕河管理。同时，宦官也积极参与了漕运管理，派遣宦官作为钦差到各省办事始于1598年。
