航海部门在编制序列上是航母的第一部门，代号是01。这也是海军的传统，航海部门在各种类型的舰艇编制序列中，都是第一部门。也是由于我国海军建军时间短，在相当长的一段时间里，能够在错综复杂的海况下安全平稳的操纵舰船是海军的第一要求，航海部门出生的干部也有更多的机会升任舰长。最近一些年，随着海军发展，航海技术的进度，舰艇操作技术从一种高级专业化的技术，转换为海军中高级军官必备的基本技能，航海部门的地位逐步下降，更偏向作战的作战部门地位上升。航海部门出生的干部，升任舰长的比列也在大幅度下降。
回到航母来讲，航母最重要的功能就是保障舰载机起降，所以相对比较重要的部门自然是航空部门。机电部门因为掌控着全船的动力系统，包括消防和损害管制，所以机电部门也很重要。这两个部门也是编制人数最多的部门。航海部门虽然编制序列保持海军的传统，排在8部门之首，重要性却并没有特别高。
航海部门为正团级单位，下属两个正营级单位。一个是负责舰艇操作的导航中队，一个是负责气象水文业务保障的气象水温中心。级别虽然是团级单位，整个部门的人员编制也就100来人，其实就是一个连的水平，日常业务操作也和连级单位差不多。部门设部门长1人，副部门长编制2人。但实际上最多时有4人，出于储备干部的考虑，初期航母部队大规模的接受各单位干部，大规模接受军校和国防生毕业学员，导致所有岗位干部堆积扎堆，一个编制对应着3-4人的情况也不少见。
导航中队设中对长1人，副中队长视情况而定。下辖航行分队和惯导分队（后改为惯导区队）。中队长正营级，一般为少校，优秀的也可以时上尉。
航行分队设分队长一名，工程师军官3-4名。这些就是在舰艇驾驶室的海图室绘制海图，制作航行计划的军官。
航行分队下设3个班，分别是操舵班，大海航行靠舵手的舵手就是这个班的工作；导航雷达班，负责导航雷达操作与维护；电航班，负责电子导航仪器，包括深度计。
惯导分队（区队）（为分队则分队长为军官，为区队则区队长为军士长）设有三个班，依次为惯导一班、二班、三班。负责惯性导航，为舰载机提供惯性导航参数信息。
气象水文中心设气象保障室、水文保障室和观察班。气象水文中心设主任一名，副主任视情而定，气象保障室和水文保障室全部为技术军官，观察班为战士。气象水文中心是纯技术专业，所有军官编制多余战士。
