GEO起先只是为表达芯片数据准备的，后期纳入了各种NGS组学数据，文章里面会给出数据地址，GSE ID号，由此我们就可以进入GEO数据库。
GEO数据库介绍
GEO Platform (GPL) 芯片平台，下载的是芯片设计的信息annotation files
GEO Sample (GSM) 样本ID号
GEO Series (GSE) study的ID号，下载的是soft文件
GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号 ，下载_series_matrix.txt.gz
准备知识
R知识
图表
GEO图表
1.热图
输入数据是数值型矩阵/数据框
2.箱线图
输入数据是一个数值型向量和一个字符串向量（有重复值）
用途：单个基因在两组之间的表达量差异
名词解释
Foldchange(FC):处理组平均值/对照组平均值
logFoldchange(logFC):Foldchange取log2
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NCBI中GEO信息
GSE:文章中作者使用的数据编号开头
GPL:某公司开发的芯片产品编号开头
GSM:表达矩阵的行名是探针名，列名是样本名，列名的编号开头是GSM
GEO分析思路
