在之前刚接触生信数据分析时，要使用conda下载生信软件，但总是提示命令找不到。后来才知道是环境变量的原因，这次专门来学习下环境变量~

1、一些概念

环境变量（environment variable）：用来储存有关shell会话和工作环境的信息，以便程序或shell中运行的脚本能够轻松访问到它们。（可能比较难理解，看下去就能有一个自己的理解了）
全局环境变量：对于shell会话与所生成的子shell都是可见的环境变量；一般系统为bash shell设置了众多的全局环境变量(p111)，这些系统环境变量全为大写字母，以区别普通用户的环境变量。
局部环境变量：只对创建它们的shell可见的环境变量。

2、查看环境变量

（1）全局变量：到处可用

printenv   #查看所有全局变量
printenv HOME  #查看某一全局变量

牢牢记住如果要用到变量，要使用$；如果要操作变量，不使用$。

echo $HOME
ls $HOME

（2）局部变量：定义进程才可用

没有专门显示局部变量的命令；
set命令会显示为某一特定进程设置的所有变量，包括局部变量、全局变量、用户定义变量。

set

3、用户定义变量

（1）设置局部环境变量

通过等号给环境变量赋值，值可以使数值或字符串。
格式上变量名、等号和值之间不能有空格。
若值为含有空格的字符串，需要在两边加上英文引号。
只能在定义它的进程（shell）中使用。

first=Hello
echo=$first
second="How are you"
echo=$second
bash  #创建子shell
echo=$second

用户定义局部变量时要用小写字母，以示区别。

（2）设置全局环境变量

先创建一个局部环境变量，然后用export命令把它导出到全局环境中。
所有进程均可以使用。但是如果子shell修改该全局变量，父shell不会做出改变。（一般也不会碰到这种情况吧）

ake="ha ha"
export ake
#如果要用到变量，要使用$；如果要操作变量，不使用$
echo $ake
bash
echo $ake

（3）删除环境变量

unset命令
如果父shell创建的全局变量，在子shell中删除它，父shell中不会受到影响。类似修改全局变量。

echo $ake
unset ake
echo $ake

4、设置PATH环境变量

当输入一个外部命令（比如conda），shell必须搜索系统来找到对应的程序。
PATH环境变量定义了用于进行命令和程序查找的目录。shell在此环境变量里查找命令的目录列表，由冒号分隔。

echo $PATH

但常见的问题是应用程序放置可执行文件（miniconda）的目录常常不在PATH环境变量所包含的目录中，只能使用绝对路径执行，比较麻烦。

方法一：手动PATH添加

把新的搜索目录添加到现有的PATH环境变量。由于PATH中各个目录之间用冒号分隔，因此只需要引用原来的PATH值，然后再给这个字符串添加新目录就行了。参考教材代码如下：

echo $PATH
#myscripts为一个简单的脚本程序
myscripts  #出现报错提示
/home/li/myscripts   #绝对路径才能执行
PATH=$PATH:/home/li/myscripts
echo $PATH
myscripts

如果希望子shell也能找到程序位置，要记得把修改后的PATH环境变量导出。

注意，对PATH变量的修改只能持续到退出或重启系统，不能永久持续。

方法二：环境变量永久化

启动文件/环境文件：当登入Linux系统启动一个bash shell时，默认情况下bash会在这几个文件中查找命令。
启动文件根据启动bash shell 方式不同的分类如下：
A、默认登录shell

需要输入用户名和密码后才能使用shell的方式；一般通过ssh登录shell时（比如我之前的服务器登录方式）为交互式的登录shell

其启动文件有两类。一类是 /etc/profile ;一类是$HOME目录启动文件。

（1）主目录 /etc/profile
其为bash shell 默认的主启动文件。只要登录了Linux系统，bash就会执行/etc/profile启动文件里的命令。一般不同的Linux发行版的该文件不尽相同。详细介绍见p118

cat /etc/profile

（2）用户$HOME目录启动文件
有如下四种，一般只会用到1-2个（常用$HOME/.bashrc），用来提供一个用户专属的启动文件来定义该用户所用到的环境变量。

$HOME/.bashrc
$HOME/.bash_profile
$HOME/.bash_login
$HOME/.profile

$HOME表示某个用户的主目录，等同于波浪号。其次上述四个文件均以点号开头，为隐藏文件。

cat $HOME/.bashrc

B、非登录shell的交互式shell

在Linux桌面环境下打开终端的方式（比如之前安装虚拟机运行的Ubuntu Linux系统进入终端的方式），不需要输入用户名与密码

特点：不会访问/etc/profile，只会检查用户用户HOME目录里的 .bashrc文件
.bashrc文件用于查看/etc 目录下通用的bashrc文件，同时为用户提供一个定制自己的命令别名及私有脚本函数的地方。

此外还有非交互式shell（脚本用）以及上述两种的详细介绍见p119

划重点！讲了这些，最关键的问题还是如何将用户定义的环境变量持久化？
在大多数发行版中，存储个人用户永久性bash shell 变量的地方是$HOME/.bashrc文件，这适用于所有类型的shell进程

回到一开始提到的那个 conda命令找不到的问题，后来是执行下述代码解决的。现在再回头看就容易理解了。

cat ~/.bashrc
nano ~/.bashrc  #编辑文本
#将下面一行代码输入到最后
echo ‘export  PATH=“home/user/miniconda3/bin:$PATH”’ >> ~/.bashrc
#保存退出
cat ~/.bashrc
source ~/.bashrc

教材最后还介绍了数组变量，因为不常用，就不深入学习了。
参考自《Linux命令行与shell脚本编程大全》

Linux学习--No.5探索环境