1 软件安装
1.1 VCF2Dis安装
下载链接
https://codeload.github.com/hewm2008/VCF2Dis/tar.gz/refs/tags/v1.50
$ tar -zxvf VCF2Dis-1.50.tar.gz
$ cd VCF2Dis-1.50
$ make
# 添加环境变量即可
$ vim ~/.bashrc
$ 在文件的末尾添加以下行
export PATH=/home/user/VCF2Dis-1.50/bin:$PATH ##/home/user/VCF2Dis-1.50/bin是安装的/VCF2Dis-1.50的bin路径
$ source ~/.bashrc
1.2 phylip安装
# 使用conda安装
$ conda install bioconda::phylip
2 使用VCF2Dis计算距离矩阵
# 设置rand为0.25进行1000次抽样计算距离矩阵
$ for i in {1..1000}; do
VCF2Dis -i my.vcf -o p_dis_$i.mat -Rand 0.25
done
# 合并生成的距离矩阵
$ cat p_dis_{1..1000}.mat > dnadist.out
3 使用phylip构建NJ tree
# 创建neighbor.par，实际文本应去除#注释
$ vim neighbor.par
dnadist.out
M
1000 #设定M值大小
9 #设定随机数，输入奇数值
Y #确认以上设定的参数
# 运行
$ neighbor < neighbor.par
$ mv outfile neighbor.out
$ mv outtree neighbor.tree
4 将多重树汇总成一个
# 创建consense.par
$ vim consense.par
neighbor.tree
Y
# 运行
$ consense < consense.par
$ mv outfile consense.out
$ mv outtree consense.tree
