生信介绍-资源分享与汇总

1. linux 学习: http://wiki.jikexueyuan.com/project/learn-linux-step-by-step/

2.python:https://www.liaoxuefeng.com/wiki/0014316089557264a6b348958f449949df42a6d3a2e542c000   

3. 学习:就看顶级期刊: CNS

4.课本:两本基础的基因数据处理书籍,都是基于Python语言的:OReilly《Bioinformatics Data Skills- Reproducible.and.Robust.Research.with.Open.Source.Tools》主要偏重工具的使用和数据文件的处理;《Bioinformatics with Python Cookbook》侧重于一些主题性质的内容,比如群体遗传学,基因大数据这一类。

5.涉及的数学知识,具体是统计学知识:假设检验,贝叶斯推断、随机森林,SVM,回归分析,PCA等

6.组学算法:很多优秀的算法和程序你都能够在github上直接找到,比如,比对软件bwa和后缀树算法,Smith-waterman局部比对算法;基因组组装软件SOAPdenovo2的de Bruijn graph;变异检测GATK、freebayse、Platypus应用到的贝叶斯、最大似然、EM、Pair-HMM和高斯混合模型等;变异注释工具VEP,GWAS的一系列方法等。学习它们的源码

7. 实践:Rosalind:http://rosalind.info/problems/locations/   训练题,这上面有着很多有意义的生物信息题目,从易到难的都有,包括RNA,DNA,蛋白。


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