菜鸟自学03:安装Miniconda

把之前写在CSDN的博文搬运了过来,集中记录自己的学习过程。


首先了解 conda、Anaconda、Miniconda的关系
昨晚在修改bashrc文件时服务器突然掉线了,导致bashrc文件不正常关闭,结果临时生成了.bashrc.swp文件,再次编辑bashrc文件会提示该文件已存在。

原因:在用vim打开一个文件时,其会产生一个cmd.swap文件,用于保存数据,当文件非正常关闭时,可用此文件来恢复,当正常关闭时,此文件会被删除,非正常关闭时,不会被删除,所以提示存在.swap文件。

rm .bashrc.swp    #这样文件就被删除了

1.下载Miniconda
选择的是清华镜像里的版本:
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc #然后别忘了点击Enter!昨晚安装就是死在这一步了

然后等一会就会出现python安装成功的提示。
然后提示是否将miniconda3安装路径加入到环境变量,输入yes。如果不输入或输入no的话也可以,就是要手动修改环境变量,不过还是能不动就不动吧。。
亲证重启终端才能使用:
进入miniconda3目录下,conda list #查看已安装的库文件 ;

2.配置conda的镜像仓库

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free  #官方频道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge  #conda软件管理依赖环境解决频道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda  #生物信息软件频道
conda config --set show_channel_urls yes

以上均参考:HiC数据分析实战


下午我又来了,原因是我发现miniconda3安装在了家目录下,于是我自作聪明得把整个miniconda3文件夹移到app下面后,还修改了原有的环境变量路径,,结果就是发现miniconda没法用了。于是乎:

rm -rf miniconda3  #所有的文件都在这一个文件夹里,所以删除这个文件夹就行
#然后注释掉或者删除之前添加的路径
#重启终端,不然可能还是绑定有anaconda

重新安装吧,别忘了进入app目录下再下载安装。
我又又来了,还是没用,还是会自动安装到家目录下,即使安装包还是躺在app目录下。。未解之谜


8.7补充:
听课的时候看到这篇文章:conda is a snake

conda请最好是通过source启动,一定要用conda安装不同功能的软件各个env,免得它污染环境变量,使用某些软件,就激活某些env。

吓得我赶紧去修改了.bashrc文件。怎么手动启动conda呢?

source ~/miniconda3/bin/activate
#然后用户名前面会出现(base),表示我们处在conda的环境下

修改bashrc文件后我测试了一下,发现仍然可以直接调用conda,这可能是因为系统里已经有conda存在了,所以可以直接调用。
另外,创建虚拟环境真的是个良好的习惯。

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