SOPMA--蛋白二级结构预测

▲蛋白质性质和结构分析:
序列相似的蛋白质具有相似的三维结构
不同蛋白质中相同的结构域(domain)具有相似的功能
▲分析蛋白质的功能:
一级结构:氨基酸的排列顺序;
二级结构(secondary structure ):主要由氢键维持的结构。
三级结构:二级结构进一步折叠形成的结构域。

SOPMA二级结构预测分析软件
http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html

图片来自MOOC
SOPMA界面.png

位点预测结果.png
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峰图.png

  • 蓝色:α-螺旋(Alpha helix)
  • 绿色: β-折叠(Beta turn )
  • 黄色: 无规则卷曲(Random coil)
  • 红色: 延伸链(Extended strand)。

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