Circbase （http://cirbase.org/）
这个数据库收集了几千条在真核细胞表达的 circRNAs,是个公共 circRNA 数据集， 有相应 circRNA 详细信息，还可以下载 circRNA 序列。
CIRCpedia v2 http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/）
CIRCpedia v2 是一个更新的综合数据库，包含来自 6 个不同物种的 180 多个 RNA-seq 数据集共 262782 条的 circRNA 注释。该数据库允许用户搜索、浏览和下载具有各种细胞类型/组织(包括疾病样本)表达特征的环状 rna。
此外，更新后的数据库包含了人类和小鼠之间环状 rna 的保守性分析。
3.Circular RNA Interactome (http://circinteractome.nia.nih.gov/Circular_RNA/circular rna.html)
该数据库预测了已知的 109 个 RNA 结合蛋白数据集与 circbase 中的 circRNA 的结合位点，并利用 Targetscan 软件预测了 miRNAs 与 circRNA 的潜在结合位点。此外， 该数据库还可以用于设计环状 RNA 引物， 针对环状 RNA 的 siRNA。
circRNADb (http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php)
首个汇总编码蛋白环状 RNA 的数据库， 共收录了 32,914 个带注释的人类外显子 circRNA， 是一个完整的人类环状 RNA 分子数据库， 每条记录包含详细的基因组信息、 RNA 编辑情况、 IRES 序列元件、 预测的 ORF 等信息， 可以作为大规模研究人类 circRNA 的宝贵资源。
可以根据基因名、细胞类型、pubmedID和蛋白编码能力浏览：
这里展示的是有蛋白编码证据的circRNA：
TSCD (tissue-specific circRNA database) ( http://gb.whu.edu.cn/TSCD)
此数据库是一个系统分析组织特异性环状 RNA 数据库。包含人和小鼠 2 个物种， 16 种组织的特异性环状RNA。
比如心脏特异性表达的circRNA：
及预测结合的miRNA：
MiOncoCirc (https://mioncocirc.github.io/)
由密歇根大学开发的由癌症临床样本汇编的环状 rna 数据库。在这个数据库里面可以查询到某个 circRNA 在不同癌症临床样本的表达情况：
7.CSCD（cancer-specific circRNA database） ( http://gb.whu.edu.cn/CSCD/)
这个数据库是由武大何春江教授发布一个全新的肿瘤特异性 circRNA 数据库。
根据肿瘤细胞查找circRNA：
exoRBase（http://www.exoRBase.org）
这个外泌体环状 RNA 数据库是由复旦黄胜林教授开发的。exoRBase 数据库共收录了 58330 种 circRNAs， 15501 种 lncRNAs， 18333 种 mRNAs，它们来自 92 份血清外泌体 RNA-seq 测序样本。作者还依据GTEx project 获得组织特异性 RNA 表达特征，分析了相关 RNA分子的组织来源。
circRNADisease http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/ 这个数据库是由武大何春江教授发布一个全新的肿瘤特异性 circRNA 数据库。
exoRBase（http://www.exoRBase.org）
这个外泌体环状 RNA 数据库是由复旦黄胜林教授开发的。exoRBase 数据库共收录了 58330 种 circRNAs， 15501 种 lncRNAs， 18333 种 mRNAs，它们来自 92 份血清外泌体 RNA-seq 测序样本。作者还依据GTEx project 获得组织特异性 RNA 表达特征，分析了相关 RNA分子的组织来源。
circRNADisease http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/
