基因组组装结果中去除细胞器序列

  1. 如果没有该基因组细胞器序列,需要先组装细胞器序列,再比对去除
  2. 如果有了该基因组的细胞器基因组(如公开数据库可获取),通过比对去除

细胞器基因组组装:

  1. 基于有参的组装
    有近源的细胞器基因组序列,可用mira + MITObim进行迭代比对组装
  2. 基于无参的组装
    如果没有近源的细胞器序列可用,只能基于de nova组装,如果有测序的三代数据,最好是用三代数据组装。
    • 若是动物,下载多个动物细胞器基因组序列(>1000条),同理植物
    • minimap2将三代reads比对到下载的细胞器基因组,并根据coverage和比对长度过滤,得到候选reads
    • 三代软件组装

细胞器序列去除:
将细胞器基因组比对至组装版本基因组,对比对结果过滤。过滤条件可以为比对coverage 及比对长度,对达到比对长度和coverage的序列去除,对达到比对达到比对长度但未达到coverage的序列的比对上部分从基因组中移除。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容