- 如果没有该基因组细胞器序列，需要先组装细胞器序列，再比对去除
- 如果有了该基因组的细胞器基因组（如公开数据库可获取），通过比对去除
细胞器基因组组装：
- 基于有参的组装
有近源的细胞器基因组序列，可用mira + MITObim进行迭代比对组装 - 基于无参的组装
如果没有近源的细胞器序列可用，只能基于de nova组装，如果有测序的三代数据，最好是用三代数据组装。- 若是动物，下载多个动物细胞器基因组序列（>1000条），同理植物
- minimap2将三代reads比对到下载的细胞器基因组，并根据coverage和比对长度过滤，得到候选reads
- 三代软件组装
细胞器序列去除：
将细胞器基因组比对至组装版本基因组，对比对结果过滤。过滤条件可以为比对coverage 及比对长度，对达到比对长度和coverage的序列去除，对达到比对达到比对长度但未达到coverage的序列的比对上部分从基因组中移除。
