BMC: scTyper: a comprehensive pipeline for the cell typing analysis of single-cell RNA-seq data

scTyper: a comprehensive pipeline for the cell typing analysis of single-cell RNA-seq data

NTP脚本中用到的函数

1. Sys.time()

显示当前时区标准日期和时间

> Sys.time()
[1] "2020-10-09 20:23:33 CST"  #其中CST表示中国标准时间，是China Standard Time的缩写

2. Sys.Date()

显示当前时区的标准日期

> Sys.Date()
[1] "2020-10-09"

3. message()

输出一段信息到标准输出

>   message("[[",Sys.time(),"]] Run NTP \n-------Copied by LET149-------")
[[2020-10-09 20:35:55]] Run NTP 
-------Copied by LET149-------

4. dir.create()

创建一个目录
dir.create(path=,showWarnings=)
path : 新创建目录绝对路径
showWarnings : 创建目录过程中的警示信息是否显示，填写逻辑值，默认是TRUE

dir.create(output.dir, showWarnings = F)

5. GetAssayData()

此函数由Seurat包提供，可以从Seurat的object中提取部分信息
GetAssayData(object, assay=, slot=)
object : Seurat中object名称
assay : 提取的assay名
slot : 提取的slot名

6. detectCores()

用来得到计算机核数
c 此函数包含在parallel包中