circos是一款强大的可视化软件，下面介绍一下如何将基因在染色体上标注出来。

1.生成测试数据，gene.txt文件。R代码如下：

options(scipen=200)
if (file.exists("gene.txt")){file.remove("gene.txt")}
sink("gene.txt", append=T)
for (i in 1:15){
    if(i < 13){
        cat("hs", i, "\t", 10000000*i, "\t", 10000000*(i+1), "\tgene", i, "\n", sep="")
    }else{
        cat("hs12\t", 120000000+1000000*(i-12), "\t", 120000000+1000000*(i-6), "\tgene", i, "\n", sep="")
    }
}
sink()

gene.txt文件内容如下：

2.配置circos.conf文件。

####设置染色体
karyotype = ../data/karyotype/karyotype.human.hg38.txt  #指定染色体文件核型文件位置
chromosomes_units = 1000000                             #定义最小单位，即100万bp为一个units，即1u = 100w，后面刻度线长度都是基于此定义

##染色体属性
<ideogram>
    <spacing>
        default = 0.005r                #指定染色体间隙宽度。r指的是圆的周长，设置0.5%圆的周长为间隙
    </spacing>
    radius           = 0.6r             #轮廓的位置，这里的r指的是半径，由圆心到圆周上范围依次是0-1r，，超出部分将不再显示。
    thickness        = 20p              #染色体整体的宽度，这里p指的是像素大小，也可以用r表示，1r=1500p
    fill             = yes              #是否为染色体填充颜色，如果为yes，自动用第七列定义的颜色着色
    show_bands       = yes
    fill_bands       = yes
    stroke_color     = dgrey            #染色体边框的颜色，支持多种格式的输入，如：red或255,182,106
    stroke_thickness = 0                #染色体边框的粗细
    #染色体标签
    show_label       = yes              #选择yes表示要显示label
    label_radius     = 0.9r             #标签位置
    label_font       = default          #字体可以再 etc/fonts.conf 查看所有，默认为CMUBright-Roman
    label_size       = 50               #字体的大小
    label_parallel   = yes              #将Label的方向设置为与染色体平行
</ideogram>

##染色体刻度线
show_ticks          = yes               #是否显示刻度线
show_tick_labels    = yes               #是否显示刻度线的数值
#定义刻度线的整体位置与形状
<ticks>
    radius           = 1r               #刻度线的位置，1r为最远距离，超过1r不再显示
    color            = black
    thickness        = 2p
    multiplier       = 1e-6             #把刻度线标签（bp）缩小10万倍显示
    format           = %d               #然后以整数的形式标记在刻度线上
    #定义小间隔的刻度线
    <tick>
        spacing        = 5u             #最开始我们定义1u = 1000000，表示每500w bp显示一个小刻度线
        size           = 5p
        show_label     = no             #由于小的刻度线展示出来太密集，因此用no不展示，默认不展示
    </tick>
    #定义大间隔的刻度线
    <tick>
        spacing        = 50u
        size           = 10p
        show_label     = yes
        label_size     = 20p
        label_offset   = 5p         #设置数值和刻度线之间的间隔
        format         = %d
    </tick>
</ticks>

###添加plots，包括text文字、scatter散点图、line折线图、histogram直方图、heatmap热图等等
<plots>
    <plot>
        type=text                   #限定plot为文本标签
        color=red                   #限定文字标签颜色
        <rules>                     #条件赋值
            <rule>
                condition    = var(value) =~ /^gene2$|^gene4$|^gene8$/          #相当于if，适用perl语法
                color        = blue
            </rule>
            <rule>
                condition    = var(value) =~ /^gene3$|^gene15$/
                color        = green
            </rule>
        </rules>
        file                 = gene.txt             #text文件位置
        label_font           = condensed            #文字字体类型
        label_size           = 30p                  #文字字体大小
        label_snuggle        = yes                  #如多个文本文字距离过近，避免重叠  参考：https://www.omicsclass.com/article/678
        show_links           = yes                  #是否显示标签和染色体之间的连接
        link_color           = gray                 #连接线颜色
        link_dims            = 0p,20p,50p,2p,2p     #连接线细分五部分，各部分长度
        link_thickness       = 1p                   #连接线厚度
        r0                   = 1r                   #标签位置，其r0和r1大小能控制标签在内或在外
        r1                   = 1r+500p
        rpadding             = 5p                   #文字边缘大小
    </plot>
</plots>



###其他基础设置，属于circos自带的配置文件，用于调用颜色，距离，报错等信息
<colors>
    <<include etc/colors.conf>>
    <<include etc/brewer.conf>>
</colors>

<fonts>
    <<include etc/fonts.conf>>
</fonts>

<image>
    <<include etc/image.conf>>
</image>

<<include etc/housekeeping.conf>>

3.在circos软件内新建test文件夹，将gene.txt和circos.conf文件放在文件夹内。

4.在test路径下运行： ..\bin\circos -conf circos.conf

5.最终生成circos.png和circos.svg图片。