小小白一枚，整理并分享一下自己在学习R的时候一些心得与体会！如果有说的不对的地方还请各位大佬指正交流~
R语言是生信分析中经常会用到的数据工具之一，学好R语言将会为我们之后的生信分析之路打下良好的基础！R语言的便捷及其功能的强大更是体现在各种各样的R包上，但有时候下载R包会遇到各种各样无法预知的问题，今天和大家分享一下学习到的几种下载R包的方法。
一、系统自带函数 install.packages()
利用系统自带的函数install.package()就可以完成很多基础的R包下载，注意（）中的R包名称要加上“”才能被正确识别。但用这种方式能获取到的R包有限，我们需要一些进阶方法来下载R包。
二、从Bioconductor网站上下载R包
第二种方法是从Bioconductor官网上下载R包到本地，然后从本地安装R包。
找到Bioconductor官网，在搜索栏中输入想要的R包名称（举例“biocviews"包）
检索到想要的R包后，一般点击第一条进去，往下翻到package archives区下载对应的source package到本地。再回到Rstudio，右下角的窗口选择Packages->install->此处注意如果下载的R包是zip或者是tar.gz格式，在选择时需要调整install from至package archive file(.zip;.tar.gz)->然后Browse...选择你刚刚下载的R包打开就可以啦
三、BiocManager安装R包
很多时候在安装R包时会提示要安装这个R包，还需要安装balbalbala很多R包，BiocManager就可以很好地帮我们解决这个问题，在安装R包时，它可以自动地安装其所依赖的其他R包。举例如下，注意要是一条语句中相同时罗列多个R包同时安装，要把他们用c()放到一起，不然可能没办法正确安装。
BiocManager::install(c( "batchelor", 'grr', 'leidenbase', 'Matrix.utils', 'pscl', 'rsample', 'RhpcBLASctl', 'spdep', 'speedglm'))
四、yulab.utils安装R包
library(yulab.utils)
install_zip_gh("cole-trapnell-lab/leidenbase")
install_zip("D:\\Downloads\\monocle3-master.zip")
install_zip("D:/Downloads/leidenbase-master.zip")
但仍有一些R包是Bioconductor上搜索不到的，比如一些Github上的包。对于这些包我们也是可以利用相应的函数进行安装的。例如yulab.utils包，安装好之后，利用包里的函数我们可以从GitHub上，以及对下载到本地的R包进行安装。格式如上，install_zip_gh使用时需要科学上网，余下两种只要将包下载到本地，安装时不需要科学上网，如果是合租服务器的话解决了无法直接科学上网安装R包的问题。
五、devtools安装R包
devtools::install_github("cole-trapnell-lab/monocle3")
这个方法也是需要科学上网，使用这个函数可以安装GitHub上的一些R包。
以上就是今天分享的全部内容啦，其实在安装R包的时候经常是几种方式轮流用，套娃中娃的情况很多，以及各种报错的时候也很多，一种方法行不通就可以换另一种试试，多多摸索~不要气馁
