作者，Evil Genius
配体分子是非标准残基，而Gromacs没有小分子的力场参数，所以需要我们自己拟合小分子的参数，也就是生成配体拓扑。
现在必须处理配体。为某些分子(非标准氨基酸残基)提供可以自动识别的力场参数。正确处理配体是分子动力学模拟中最具挑战性的任务之一。
对于 OPLS，AMBER和 CHARMM力场，这种推导通常采用各种量子力学计算的形式。这些力场的主要文献描述了所需的程序。对于GROMOS力场，参数化方法不太清楚。
自动化工具是非常受欢迎的。对于每个力场，都有一些方法或软件程序旨在提供与各种力场兼容的参数。并非所有这些都同样准确。有关一些示例:
首先是AMBER。
GAFF (General amber force field)
Antechamber http://ambermd.org/#AmberTools
参数化小分子GAFF
actype https://github.com/llazzaro/actype
http://svn.code.sf.net/p/ccpn/code/branches/stable/ccpn/python/actype/
Antechamber 的 Python 接口，编写 GROMACS 拓扑
actype在线版（需排队等待）
http://bio2byte.be/actype/
然后是CHARMM
CGENFF
The CHARMM General Force Field
CHARMM一般力场的官方服务器
https://cgenff.umaryland.edu/
对python版本有严格限制，需要不断调试
再来是CHARMM
CHARMM-GUI服务器
https://charmm-gui.org/
加氢需要仔细检查，一键生成
需要学术邮箱注册，还可以生成磷脂双分子层的模式。
还有GROMOS87/GROMOS96
PRODRG 2.5
http://prodrgl.dyndns.org/
用于拓扑生成的自动化服务器
ATB
https://atb.uq.edu.au/
用于拓扑生成的更新服务器，使用GROMOS96 54A7
最后是OPLS-AA
Topolbuild
http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Other_software
将Tripos.mol2文件转换为拓扑
TopolGen将全原子.pdb文件转换为拓扑的Perl脚本
http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Other_software
LigParGen来自Jorgensen组的服务器，用于生成OPLS拓扑
http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/
其他非官方推荐的在线服务器
TPPmktop
http://erg.biophys.msu.ru/tpp/
在线工具，提供pdb文件，能产生OPLS-AA力场参数的GROMACS拓扑文件。速度比较快，但得到的拓扑文件里有时候会缺参数，或者出现额外的原子类型，需要再手工处理(需要引入额外的力场文件，但是笔者发现在网上下载不到)。有时候会服务器繁忙，无法提交，需要等待排队。
Sobtop(需要借助其他程序生成电荷)
http://sobereva.com/soft/Sobtop/
主要产生GAFF、AMBER力场的拓扑文件，但由于其力场库可以自行非常方便地修改和扩充，因此Sobtop本质上是完全普适、通用的。Sobtop可谓是最理想、最灵活、最易用的产生GROMACS拓扑文件的工具。此程序用起来超级简单，什么额外的程序以及特殊的运行环境都不需要装，解压即用。Sobtop使用极其方便，照着屏幕上的提示敲几下键盘，itp、top和gro文件就产生了，另外也可以要求产生rtp文件。
常见思路
我们打开GaussView，把小分子拖进去。
检查加氢是否正确
首先，使用GaussView创建分子构型并做初步优化通过拖拽pdb分子进入打开的界面，提示自动加氢选择“是”，仔细检查氢，是否添加正确。并进行粗略优化(下图所示)。
设置高斯提交任务，优化构型并计算静电势
1、空处选择Calculate>Gaussian Calculation Step
2、将计算类型修改为优化(Optimization)
3、设定使用的方法，基组，以及体系的电荷，自旋多重度
4、设置体系的名称，自定义
5、Link0部分设置使用的内存和核数
6、General部分设置二次收敛，忽略对称性，写入分子的连接信息
7、在AddInmp部分添加静电势输出文件的名称，添加计算静电势的关键词
8、点击提交，保存高斯输入文件.gjf
然后就开始计算了，计算的过程时间比较长
