希腊地中海海域的一次海底地震过后，有人从海中打捞出古物，于是大量打捞队蜂拥而至，根据考古学家劳拉的分析，有可能是亚历山大大帝建造的月神殿，亚历山大曾经将各地收集来的宝藏藏在两个地方，大多数在埃及的藏书室，而最珍贵的则在月神殿。月神殿在一次火山爆发中沉入了海底。根据劳拉对震源，洋流，板块漂流的综合分析，确定了真正的遗迹位置。于是，劳拉带着队伍更换了打捞地点。临下水前，船长格斯告诉她，有些东西不应该被发现，而自信的劳拉则认为，丢失的一切都应该被发现。说完，她带着吉米和尼基下了水。不出所料，遗迹真的被他们找到。宽敞的大厅里，亚历山大雕像端坐其上，旁边堆放着大量珍贵的文物。看着即将到手的财富，吉米和尼吉迫不及待的开始动手，劳拉则带着摄影机记录里面的壁画，壁画里的内容让劳拉产生了兴趣，于是她爬上了雕像，撬下了雕像胸口的金币，一股特殊的声音，让大厅顶部的物品光芒四射。一个神奇光球被镶嵌在特殊的装置上，还没拍摄下全部，地震的余波让大厅一阵晃动，月神殿即将塌陷。刚刚取下光球，劳拉就被尾随而来的神秘人射中大腿，光球随之掉落。光球被抢走，神秘人临走时还破坏了劳拉的潜水摩托艇。随着神殿倒塌，劳拉也深陷海底，她利用血腥引来了鲨鱼，一拳下去鲨鱼乖乖带着劳拉来到了海面。经过三天的漂泊，就在劳拉到达极限之时，管家希拉里和助手布莱斯找到了她。
回来后的劳拉正在发泄心中的怒火，一架直升飞机来到了她的庄园，来找她的是军情六处的人。从他们口中得知，抢夺光球之人名叫陈诺，与弟弟陈宪组建了闪灵帮，专门做非法生意。而雇佣他的人叫乔纳森，是一名视人命如草芥的生化武器专家。就在刚刚不久，乔纳森利用埃博拉病毒敲诈了各地富豪数十亿美元。
劳拉根据军情六处带来的资料，确定乔纳森想通过光球找到潘多拉魔盒。传说中，潘多拉打开魔盒又关上，里面只剩下了代表死亡的罗曼提。4000多年前，埃及法老找到了生命的摇篮，起源之地。在那里，魔盒又一次被打开，伴随而来的是瘟疫，法老的儿子派人将魔盒送到了世界的尽头。2000年后，亚历山大带兵入侵印度时军队染上了瘟疫，并发现了潘多拉魔盒。亚历山大认为魔盒太危险，于是利用魔盒里的地图将魔盒送回了起源之地，地图被亚历山大藏在了月神殿，就是那个光球。军情六处的人向上汇报后，代表女王请求劳拉拯救世界。劳拉欣然接受，但指定特里谢里丹协助。
曾是皇家陆战队中校的特里，因叛变被抓，正在监狱服刑。他也曾是闪灵帮内部人员，在劳拉的坚持下，军情六处同意了。
迫切想得到光球的乔纳森联系到陈洛，要求尽快将光球拿出来，陈洛认为低估了光球的价值，要求涨价，哪怕乔纳森用自己的妻女威胁也不为所动，乔纳森只得妥协。
劳拉在特里的带领下直接当了俘虏，被押到了陈洛面前。依据特里对陈洛的了解，只要出价高，光球就可以轻松得到。如同特里判断的一样，听到比乔纳森高三倍的价格，陈洛立即带着劳拉去僻静处谈谈。两人话不投机打了起来，结果，陈洛不是对手，被逼着说出了交易地点。于是，劳拉与特里提前赶到了交易地点打算抢夺，结果位置不佳，被老谋深算的乔纳森拿到了箱子。就在直升机离开前，劳拉撑杆一跃，挂在了直升机上，并将一枚跟踪器粘在了箱子上。
在一处秘密的武器研究所里，光球放在了一台仪器上解读，为了防止劳拉前来破坏，乔纳森决定先将病毒的解毒剂送往安全之处。趁里面空虚之际，劳拉二人骗开了安保，成功进入研究所内。拿到光球毁了机器的劳拉与赶回来乔纳森等人发生了枪战，最后利用早已准备的飞行衣逃脱了追杀。打斗中，劳拉用来与布莱斯通话的可视眼镜却遗失在了现场。
逃出来的二人在船上休息，对特里持怀疑态度的劳拉，将特里锁在船上后独自离开。
乔纳森通过眼镜查到了布莱斯，毫不知情的劳拉将光球的视频传给了布莱斯，根据电脑解析转化成的声波让光球光芒大作，一幅幅乞力马扎罗山附近的场景浮现在劳拉眼前。于是劳拉当即让布莱斯联系她的朋友科萨，自己则动身前往非洲。
在科萨的带领下，劳拉来到了神山上的部落，部落酋长一眼就认出光球，他让劳拉放弃离开。在劳拉说明来意后，酋长警告劳拉，想要到达起源之地，就必须通过影子护卫的峡谷领地，进入起源之地还会失去方向，只有带着光球才能让魔盒显现。酋长还派了一支20人的队伍带他们前往。
队伍还没到达，乔纳森带着雇佣兵乘直升机迎头赶上，面对强大的火力，部落的20个勇敢的战士倒在了血泊之中。乔纳森逼迫劳拉带路，并将被绑的希拉里和布莱斯推了出来。科萨适时提醒劳拉可以在峡谷领地解救二人。于是，劳拉答应带他们前往。
夜晚的峡谷阴森而静谧，让赶路的众人心生恐惧，影子般的巨兽如同刺客拖走一个又一个雇佣兵，山谷里回荡的只有雇佣兵的惨叫和兽吼声。在巨兽即将追到之时，劳拉将光球放入了一个洞口，瞬间巨兽消失，洞口塌陷，劳拉掉入其中，乔纳森也跟着跳了下去。追过来的特里救下了希拉里和布莱斯后，也进入了山洞。
如同蛛网般的洞穴，让人可以上下左右直立行走，方向在这里已经失去意义。散发着光芒的魔盒，漂浮在翻滚的酸液之上。没有合适的工具，乔纳森举枪逼迫劳拉去取魔盒，劳拉打翻乔纳森逃走，乔纳森也追了过去，两人再一次扭打在一起。在特里的出言威胁下，劳拉趁机将乔纳森扔到了酸液之中。乔纳森临死还不忘摸一下魔盒。看着昔日恋人贴心的关怀，劳拉终于放下了对特里的戒心。谁知下一秒，特里就要带走魔盒，他不顾劳拉的劝说，坚决带走属于自己的财富。最后特里还是死在了劳拉的枪下。
正如格斯曾和她说的一样，有些东西不应该被发现。
