一、Linux软件下载与安装

1.下载miniconda（来自清华镜像）

• cd biosoft 进入目标目录
• wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 下载软件

2. 安装并激活软件

• 安装 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 激活 source ~/.bashrc
• 添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

二、miniconda的使用

1. 基本操作

• 查看软件列表conda list
• 搜索软件 conda search fastqc
• 安装conda install fastqc -y
• 卸载conda remove fastqc -y

2.conda环境

• 因为处理不同数据用到的软件不同，且如果使用多个软件结合可能对软件版本要求也不尽相同，所以需要根据自己的目的定制，如处理数据1时用“A 1.0+B 1.5”，处理数据2时用“A 2.0+B 1.5”，这样可以组合成不同的conda环境。
  （1） 查看conda环境conda info --envs
  （2） 新建环境 conda create -n rnaseq python=3 fastqc trimmomatic -y
  含义是新建一个名为“rnaseq”的环境，指定python版本是3，自动下载fastqc+trimmomatic。
  （3）激活环境 conda activate rnaseq
  （4）退出当前环境conda deactivate

学习完已经是第四天了，辛苦！