parallelLastz使用初探

尝试计算一下保守性分数，但是教程推荐软件lastz不支持并行，还是得与时俱进。在谷歌里找到了一个并行的软件parallelLastz这里记录一下

以并行模式运行Lastz(https://github.com/lastz/lastz)。

当查询文件格式是fasta时，可以指定许多线程来处理它。它可以线性地减少运行时间，并使用与原始lastz程序几乎相等的内存。当你把一个大的query file 转换成一个大的参考文件时，比如人类全基因组序列，这是很有用的。

该程序是由鲍勃·哈里斯(lastz的作者)编写的原始LASTZ程序的扩展。

1下载

conda install -c jnarayan81 parallellastz

2 使用说明

--qfile|-q  query multifasta/fasta file
--tfile|-t  target genome file
--cfile|-c  config file
--speedup|-s    number of core to use
--length|-l length below this is ignored
--help|-h   brief help message

后续

似乎不是很快，还是先拆分染色体再并行脚本吧