0. open this website

https://www.cbioportal.org/

1.页面如下

首页

2. 点击 Data Sets，输入你感兴趣的 Cancer type，这里我的选择是：Breast Invasive Carcinoma (TCGA, PanCancer Atlas)

搜索你感兴趣的 cancer（这里搜索的是breast）

3.进入你感兴趣的验证数据集后，在数据集名字旁边的下载图标，复制链接，

找到下载图标，复制链接

wget https://cbioportal-datahub.s3.amazonaws.com/brca_tcga_pan_can_atlas_2018.tar.gz
tar -xzvf brca_tcga_pan_can_atlas_2018.tar.gz

解压后的文件

其中 data_mutations.txt 即为 maf 文件,在 RStudio 上把 maf 读取一下，看一下。

library(maftools,lib = "/home/u24211510018/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.2")
brca_maf <- read.maf(maf = "./data_mutations.txt")
brca_maf@data[1:5,1:10]

brca_maf 一览

4 alternative method:

4.1 使用 R package：TCGAbiolinks 下载，但是 TCGA-BRCA 我下载一直是不成功的，不知道为什么，可能文件太大？anyway, here I just want to provide another way to download data.

library(TCGAbiolinks)

query <- GDCquery(
    project = "TCGA-BRCA", 
    data.category = "Simple Nucleotide Variation",
    data.type = "Masked Somatic Mutation",
    access = "open"
)
  
GDCdownload(query)
  
GDCprepare(query, save = T,save.filename = "TCGA-BRCA_SNP.Rdata")

4.2 通过 GDC 网站，自己选择数据下载，由于每一个patient 都是一个单独的文件，所以较麻烦。

https://portal.gdc.cancer.gov/

Last:

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一个简单的方法下载 TCGA 中的 MAF 文件