个人总结：
GWAS是复杂性状相关基因定位的常用手段，其结果与参考基因组的选择有关，若多样性群体中的候选基因不存在于参考基因组，则无法鉴定。而Kmer-based GWAS则不依赖参考基因组（个人理解，k-mer相当于GWAS中的SNP）。以上都是从全基因组水平上去关联性状，而R基因有其独特的结构特征，绝大多数R基因都是NLR类型，所以可以通过RenSeq技术先富集出多样性群体中的R基因并进行组装，然后再与Kmer-based GWAS联用（即AgRenSeq），最终可以直接鉴定到与性状关联的R基因而不是一个基因区段。理论上只要所用群体多样性足够就可以克隆任何作物中的R基因，但其也有缺陷，只能克隆典型的NLR类型抗病基因（因为RenSeq富集是根据NLR基因的探针库来捕获测序的）。
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AgRenSeq大体流程
1.收集多样性群体并获得其抗特异病害的表型（图a、b）
2.多样性群体中每个品种进行R基因富集测序，获得每个品种中的kmer reads（默认51bp），并且挑选一个自认为候选R基因所在的品种进行R基因组装（组装成contig，并进行R基因鉴定过滤）（图c）
3.kmer只有存在与缺失两种状态，将品种表型与kmer相关联，筛选出与性状关联较好的kmer（根据p值筛选）（图d）
4.将筛选得到的kmer回帖到单个抗性品种组装的R基因contig上，并绘制曼哈顿图，鉴定到与表型最相关的的contig（该contig相当于R基因）,至此AgRenSeq工作完成。(图e)
