细胞铺板密度对转染的影响：
转染试剂成功转染siRNA的细胞会产生目标基因表达下调，但未成功转染的细胞却不受影响，这时转染效率和总的细胞数量就很重要，一般细胞数量较少时转染效率高，一些试剂由于本身毒性的影响，太低的细胞数量时毒性明显，所以会要求较高的细胞密度（汇合度），顺便说一句，看一个转染试剂的毒性，看它要求转染时的细胞密度就知道了。siRNA的转染和DNA的转染不一样，DNA的转染是过量表达，死亡一些细胞对过量表达的蛋白本身来说影响不大，但siRNA的转染，死亡的细胞所有的基因表达（包括特定目标基因）都下降，将与siRNA造成的特定目标基因的表达下降现象是一致的，将大大影响实验结果。
选用低细胞毒性的转染试剂其实很重要。由于siRNA沉默时效性的影响，转染后48小时才能进行进行qRT-pcr检测，转染后48-72小时才能进行蛋白检测。如果转染时铺板密度较高，细胞一方面转染效果不理想，直接影响沉默效果和数据可靠性，另一方面，48小时甚至更长时间后，沉默检测最佳点时，过于密集的细胞将影响细胞状态，从而影响实验结果。
血清对转染的影响：
血清中含有大量的蛋白质，在转染过程中，带负电的蛋白质可能干扰阳离子脂质体对核酸的吸附，影响转染效率。另外，使用脂质体等转染试剂时，由于含血清转染会将血清中的蛋白带入细胞，引发细胞毒性，导致转染效率降低，故不能有血清转染。这些转染试剂要求在转染前换无血清培养基，转染后4-6h在更换成有血清培养基，这其实是为了减轻转染造成的细胞毒性。不过如果使用非脂质体的转染试剂，转染过程中就可以加血清，这样也可以提高细胞转染效率。
抗生素对转染的影响：
细胞培养过程中往往会添加抗生素来防止污染，但是这些添加剂可能对转染造成麻烦。比如青霉素和链霉素，就是影响转染的培养基添加物。这些抗生素一般对于真核细胞无毒，但脂质体等转染试剂增加了细胞的通透性，使抗生素可以进入细胞。这可能间接导致细胞死亡，造成转染效率低。所以，使用脂质体转染试剂时培养基中不能使用抗生素，甚至在准备转染前进行细胞铺板时也要避免使用抗生素。
对于非脂质体转染试剂，在转染过程中可以添加抗生素，抗生素的添加与否不影响转染效率和毒性。他们是由纳米高分子聚合物组成的物质，分子内含有许多氨基，在生理PH下会发生质子化，这些质子化的氨基可以中和DNA质粒表面的负电荷，使DNA分子由伸展结构压缩为体积相对较小的DNA粒子，并包裹在其中，使DNA免受核酸酶的降解。转染复合物主要是通过细胞内吞作用将DNA转移进入细胞，形成内含体(endosome)，DNA从内含体释放，进入细胞质中，再进一步进入核内转录、表达。
