在前面学习了《快速入门hugegraph图数据库》和《hugegraph图数据库概念详解》之后,大家一定想导入一定规模的真实数据到hugegraph练练手,本文就以Stanford的公开数据为例,教大家如何快速导入10亿+的数据到hugegraph图数据库。
1. 环境准备
导入数据到hugegraph之前需要准备好一些必要环境,包括:安装服务hugegraph-server和下载导入工具hugegraph-loader,请读者先根据文档安装hugegraph-server,下载hugegraph-loader,hugegraph-server和hugegraph-loader在同一台机器即可。
2. 数据准备
2.1 原始数据下载
本文以Stanford的公开数据集Friendster为例,该数据约31G左右,请大家自行去下载该数据。
下载完之后,我们来看看文件内容是什么样的。
前10行
$ head -10 com-friendster.ungraph.txt
# Undirected graph: ../../data/output/friendster.txt
# Friendster
# Nodes: 65608366 Edges: 1806067135
# FromNodeId ToNodeId
101 102
101 104
101 107
101 125
101 165
101 168
后10行
$ tail -10 com-friendster.ungraph.txt
124802963 124804978
124802963 124814064
124804978 124805174
124804978 124805533
124804978 124814064
124805174 124805533
124806381 124806684
124806596 124809830
124814064 124829667
124820359 124826374
可以看到,文件结构很简单,每一行代表一条边,其包含两列,第一列是源顶点Id,第二列是目标顶点Id,两列之间以\t
分隔。另外,文件最上面几行是一些概要信息,它说明了文件共有65608366个顶点,1806067135条边(行)。而且从文件的前面10行和顶点数中都可以看出,这1806067135行中有很多顶点是重复出现的。当然,这是由于文件本身无法描述图结构导致的。
了解过hugegraph-loader的读者应该知道,hugegraph-loader暂时不支持在读一次文件的时候既导入顶点又导入边,所以我们需要对边文件做一下处理,将所有的顶点Id去重后,输出到一个单独的顶点文件里面,这样hugegraph-loader就可以分别导入顶点和边了。
2.2 数据处理
这里数据处理的关键在于去重,在不考虑数据量的情况下,我们可以按照以下步骤去重并写入到新文件:
- 定义一个内存的set容器,便于判断某个Id是否存在
- 按行读取源文件,每一行解析出两个整型Id
- 对每个Id,先判断set容器中是否包含它,如果不包含,则加入到容器,并写入到新文件中
依靠内存的set容器我们就能实现去重,这是数据处理的核心思想。但是有一个问题需要考虑到,那就是set容器是否足够放下所有不重复的顶点Id,我们可以计算一下:
// 65608366个顶点Id
// 每个顶点Id是整型,即32字节
(65608366 * 32) / (1024 * 1024 * 1024) = 1.9G
很幸运,目前绝大多数的机器的内存都是能放得下1.9G的数据的,除非你已经十几年没有换过电脑了,所以大家可以自己写一个脚本按照我上面的逻辑快速地实现去重。
不过,我下面还是给大家介绍一种更加通用一点的处理方案,以免下一次换了一个数据集,而那个数据集的顶点Id占的内存是3.9G、5.9G或7.9G,这时,估计就有一部分人的机器装不下了。
下面我要介绍的这种方案在处理海量数据领域颇为常见,其核心思想是分而治之:
- 将原始的全部顶点Id分成较均匀的若干份,保证在每份之间没有重复的,在每份内部允许有重复的;
- 对每一份文件,应用上面的去重方法。
那如何才能将全部顶点Id分成较均匀的若干份呢?由于顶点Id都是连续的数字,我们可以做求余哈希,将所有余数相同的顶点Id写到一个文件中。比如我们决定分成10份,那可以创建编号为0-9的10个文件,将所有顶点Id除以10求余,余数为0的写到编号为0的文件,余数为1的写到编号为1的文件,以此类推。
我已经按照上面的逻辑写好了脚本,代码如下:
#!/usr/bin/python
# coding=utf-8
def ensure_file_exist(shard_file_dict, shard_prefix, index):
if not (shard_file_dict.has_key(index)):
name = shard_file_path + shard_prefix + str(index)
shard_file = open(name, "w")
shard_file_dict[index] = shard_file
if __name__ == '__main__':
raw_file_path = "path/raw_file.txt"
output_file_path = "path/de_dup.txt"
shard_file_path = "path/shard/"
shard_prefix = "shard_"
shard_count = 100
shard_file_dict = {}
# Split into many shard files
with open(raw_file_path, "r+") as raw_file:
# Read next line
for raw_line in raw_file:
# Skip comment line
if raw_line.startswith('#'):
continue
parts = raw_line.split('\t')
assert len(parts) == 2
source_node_id = int(parts[0])
target_node_id = int(parts[1])
# Calculate the residue by shard_count
source_node_residue = source_node_id % shard_count
target_node_residue = target_node_id % shard_count
# Create new file if it doesn't exist
ensure_file_exist(shard_file_dict, shard_prefix, source_node_residue)
ensure_file_exist(shard_file_dict, shard_prefix, target_node_residue)
# Append to file with corresponding index
shard_file_dict[source_node_residue].write(str(source_node_id) + '\n')
shard_file_dict[target_node_residue].write(str(target_node_id) + '\n')
print "Split original file info %s shard files" % shard_count
# Close all files
for shard_file in shard_file_dict.values():
shard_file.close()
print "Prepare duplicate and merge shard files into %s" % output_file_path
merge_file = open(output_file_path, "w")
line_count = 0
# Deduplicate and merge into another file
for index in shard_file_dict.keys():
name = shard_file_path + shard_prefix + str(index)
with open(name, "r+") as shard_file:
elems = {}
# Read next line
for raw_line in shard_file:
# Filter duplicate elems
if not elems.has_key(raw_line):
elems[raw_line] = ""
merge_file.write(raw_line)
line_count += 1
print "Processed shard file %s" % name
merge_file.close()
print "Processed all shard files and merge into %s" % merge_file
print "%s lines after processing the file" % line_count
print "Finished"
在使用这个脚本之前,需要修改
raw_file_path
、output_file_path
、shard_file_path
为你自己路径。
处理完之后,我们再看看去重后的顶点文件
$ head -10 com-friendster.ungraph.vertex.txt
1007000
310000
1439000
928000
414000
1637000
1275000
129000
2537000
5356000
看一下文件有多少行
$ wc -l com-friendster.ungraph.vertex.txt
65608366 com-friendster.ungraph.vertex.txt
可以看到,确实是与文件描述相符的。
除了我说的这种方法外,肯定还有其他的处理办法,比如大数据处理神器:MapReduce,大家可以自行选择,只要能提取顶点Id并去重就行。
3. 导入准备
3.1 构建图模型
由于顶点和边除了Id外,都没有其他的属性,所以图的schema其实很简单。
schema.propertyKey("id").asInt().ifNotExist().create();
// 使用Id作为主键
schema.vertexLabel("person").primaryKeys("id").properties("id").ifNotExist().create();
schema.edgeLabel("friend").sourceLabel("person").targetLabel("person").ifNotExist().create();
3.2 编写输入源映射文件
这里只有一个顶点文件和边文件,且文件的分隔符都是\t
,所以将input.format
指定为TEXT
,input.delimiter
使用默认即可。
顶点有一个属性id
,而顶点文件头没有指明列名,所以我们需要显式地指定input.header
为["id"]
,input.header
的作用是告诉hugegraph-loader文件的每一列的列名是什么,但要注意:列名并不一定就是顶点或边的属性名,描述文件中有一个mapping
域用来将列名映射为属性名。
边没有任何属性,边文件中只有源顶点和目标顶点的Id,我们需要先将input.header
指定为["source_id", "target_id"]
,这样就给两个Id列取了不同的名字。然后再分别指定source
和target
为["source_id"]
和["target_id"]
,source
和target
的作用是告诉hugegraph-loader边的源顶点和目标顶点的Id与文件中的哪些列有关。
注意这里“有关”的含义。当顶点Id策略是
PRIMARY_KEY
时,source
和target
指定的列是主键列(加上mapping),用来拼接生成顶点Id;当顶点Id策略是CUSTOMIZE_STRING
或CUSTOMIZE_NUMBER
时,source
和target
指定的列就是Id列(加上mapping)。
由于这里顶点Id策略是PRIMARY_KEY
的,所以source
和target
指定的列["source_id"]
和["target_id"]
将作为主键列,再在mapping
域中指定source_id
和target_id
为id
,hugegraph-loader就知道解析道一个source_id
列的值value
后,将其解释为id:value
,然后使用顶点Id拼接算法生成源顶点Id(目标顶点类似)。
{
"vertices": [
{
"label": "person",
"input": {
"type": "file",
"path": "path/com-friendster.ungraph.vertex.txt",
"format": "TEXT",
"header": ["id"],
"charset": "UTF-8"
}
}
],
"edges": [
{
"label": "friend",
"source": ["source_id"],
"target": ["target_id"],
"input": {
"type": "file",
"path": "path/com-friendster.ungraph.txt",
"format": "TEXT",
"header": ["source_id", "target_id"],
"comment_symbols": ["#"]
},
"mapping": {
"source_id": "id",
"target_id": "id"
}
}
]
}
由于边文件中前面几行是注释行,可以使用"comment_symbols": ["#"]
令hugegraph-loader忽略以#
开头的行。
更多关于映射文件的介绍请参考:官网hugegraph-loader编写输入源映射文件
4. 执行导入
进入到hugegraph-loader目录下,执行以下命令(记得修改路径):
$ bin/hugegraph-loader -g hugegraph -f ../data/com-friendster/struct.json -s ../data/com-friendster/schema.groovy --check-vertex false
这时hugegraph-loader就会开始导入数据,并会打印进度到控制台上,等所有顶点和边导入完成后,会看到以下统计信息:
Vertices has been imported: 65608366
Edges has been imported: 1806067135
---------------------------------------------
vertices results:
parse failure vertices : 0
insert failure vertices : 0
insert success vertices : 65608366
---------------------------------------------
edges results:
parse failure edges : 0
insert failure edges : 0
insert success edges : 1806067135
---------------------------------------------
time results:
vertices loading time : 200
edges loading time : 8089
total loading time : 8289
顶点和边的导入速度分别为:65608366 / 200 = 328041.83(顶点/秒)
,1806067135 / 8089 = 223274.46(边/秒)
。