如果你的挚爱死在面前，如果你所深信的不过是一场骗局，如果你堵上一切换来的只是无尽的绝望与悲剧，那么活着究竟是为了什么，《尼尔：机械纪元》向我们呈现了这样一个故事。

故事发生在遥远的未来，人类生存的土地已经被外星人所研发的机械生命占据，为了有朝一日夺回地球，人类在月球的反抗军制造了人造人军团寄叶部队。在一周目的结尾，2B和9S杀掉了机械生命进化的顶点—亚当，之后寄叶部队准备组织大规模的反攻行动，根除机械生命体，这一切看起来似乎都是充满希望的。然而，9S在机体调整的时候发现寄叶部队的服务器有异常，于是没有同步数据，由此也逃过了一劫，也发现了一个惊天秘密，月球上的人类，根本不存在，人类早就灭亡了......

在肃清计划的执行过程中，突然周围寄叶部队的队友变得很奇怪，开始攻击队友，9S救出2B赶回司令部报告这一危急的情况，但一切都已经晚了，病毒早已扩散到了所有的寄叶机体，原来一切都是骗局，人类在寄叶部队的系统中留下了后门，在机械生命被消灭后，抹除寄叶部队，让一切真相记载消失，让人类还在月球这一骗局成为真实。

也许故事到了这里就结束了，这个故事就是一个很常见的悲剧剧本，但故事到这里远没有结束，整个故事在之后的情节里真正的升华。