2021-03-15 DepMap数据库

  偶然发现了这个神奇的网站(https://depmap.org/portal/),对于实验狗的我而言,想想以前走的各种弯路,顿感相见恨晚啊!废话少叙,直接来看看这个DepMap到底有何神奇之处。

1.查询基因在各种细胞的中的必要性 (Perturbation effects),换而言之,在这个细胞中去除这个基因是否影响细胞生存,再进一步在这个细胞中敲除或者敲低该基因是否会影响细胞活力(这就是预先知道了基因对细胞增殖表型的影响了)。

        DepMap的这部分结果是通过分析来源与796个CRISPR screen和710个RNAi screen数据集,基于这样的结果,我们不仅能够快速知晓一个基因对细胞增殖的潜在功能,也能便于我选择合适的细胞系进行实验。例如图1所示,MYC在各种细胞中的Gene Effects值小于0(甚至-1),即表示敲除或敲低MYC会抑制细胞增殖,这与MYC本身的功能吻合。

MYC in DepMap

2. 查询基因在各种细胞中的表达水平,突变情况等等(Characterization)

MYC在各种细胞中的表达水平和突变情况一目了然,就不用买齐各种细胞,各种检测再决定选择哪种细胞进行实验了。

各种细胞中MYC的表达水平
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