R 在linux上的一些坑

常用安装包的方法

install方法

#Windows下安装方法类似，加上一键安装依赖包的参数
install.packages("mongolite",dependencies = TRUE)

biocLite方法

##下载安装包
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("mongolite")
##本地安装
####在下载的包的目录下执行  
 R CMD INSTALL mongolite_1.2.tar.gz

报错处理

连接mirror失败

#查看配置信息
 ?download.file
#可能是linux没有安装wget
yum install wget
#也有可能是防火墙设置

[图片上传失败...(image-aa2ff3-1538374029733)]

相关包安装

1、安装mongolite包

#linux版本为CentOS，需要安装cyrus-sasl-devel
yum install openssl-devel
yum install cyrus-sasl-devel

[图片上传失败...(image-30e93f-1538374029732)]

2、安装RCurl包

# 报错
## * installing *source* package ‘RCurl’ ...
## ** package ‘RCurl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
## checking for curl-config... no
## Cannot find curl-config
# 解决方法
sudo yum -y install curl  
sudo yum -y install libcurl libcurl-devel  

3、安装rvest包

# linux版本是CentOS
sudo yum -y install libxml2-devel
# install的依赖参写上
install.packages("rvest",dependencies = TRUE)

4、安装rgdal包

# linux版本是CentOS
## 不知道哪些是必要的，反正一股脑的都装上就能用了~
yum install gdal
yum install proj-devel
yum install gdal gdal-devel 
yum install proj-nad 
yum install proj-epsg 
## 下面的貌似可以不装
yum install gdal gdal-python gdal-devel mapserver mapserver-python libxml2 libxml2-python python-lxml python-py python-devel gcc
# install的依赖参写上
install.packages("rgdal")

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