如果你经常在Linux系统安装软件的话，对Make工具一定不会陌生，它会执行一个makefile脚本，通过一个非常复杂的过程来确保所有依赖满足条件。我们也可以编写makefile脚本来实现一些简单的pipeline。makefile采用声明式语句，每条语句包含目标，先决条件与命令三个部分。

• 目标：即这条语句想要达成的最终目的
• 先决条件：这条语句达到目的所依赖的文件
• 命令：达到目的所要执行的命令

由于makefile的语言特色，它的执行逻辑并不是从上到下，而是会根据依赖条件进行跳转。

举个栗子

下载一个fasta文件并总结其碱基组分，我们可以编写包括如下内容的Makefile文件：

FASTA_LINK=http://bit.ly/egfr_flank ## 1

.PHONY: all clean ## 2

all: egfr_comp.txt ## 3

egfr_flank.fa:  ##4
    curl -L ${FASTA_LINK} > egfr_flank.fa 

egfr_comp.txt: egfr_flank.fa ## 5
    seqtk comp egfr_flank.fa > egfr_comp.txt 

clean: ##6
    rm -f egfr_flank.fa egfr_comp.txt

解释：

1. 声明变量存放fasta链接，方便修改重用
2. .PHONY为特殊的关键词，在先决条件部分声明all与clean为目标而非文件
3. all为一个常用的目标名称，表示所有需要的结果，这里我们通过下载并操作egfr_flank.fa文件，得到最终的egfr_comp.txt，因此先决条件为存在egfr_comp.txt文件
4. 以egfr_flank.fa文件的存在为目标，由于此文件由下载得到，不需要先决条件。这里采用curl命令下载（-L表示可以跟随链接跳转）
5. 以egfr_comp.txt文件的存在为目标，需要下载好的egfr_flank.fa文件作为先决条件，采用seqtk comp命令进行碱基信息提取
6. clean目标用于将目录恢复到make命令运行前状态

当我们调用make all命令时，make将会在当前目录下寻找Makefile文件并加载，从all目标开始执行，如下：

$ make all
curl -L http://bit.ly/egfr_flank > egfr_flank.fa
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
100 190 100 190 0 0 566 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 567
100 1215 100 1215 0 0 529 0 0:00:02 0:00:02 --:--:-- 713
seqtk comp egfr_flank.fa > egfr_comp.txt

make非常厉害的特点在于它只会达成不存在或者修改过的目标，因此当我们再次运行命令，由于目标都已经达成将会出现如下的提示：

$ make all
make: Nothing to be done for `all'

这里更新一下egfr_flank.fa文件的时间，再次运行将会从中间步骤开始：

$ touch egfr_flank.fa
$ make all
seqtk comp egfr_flank.fa > egfr_comp.txt

最后，可以使用make clean命令删除所有生成的文件：

$ make clean
rm -f egfr_comp.txt egfr_flank.fa

Make语言非常复杂，这里只能提供一个基础的介绍用于完成简单的任务或工作流，想要了解更多的话可以参阅make说明文档。