商鞅在秦国地位很高，商鞅变法使得秦国强盛，但法律很严苛，尤其是对哪些贵族，商鞅得罪了不少的老臣和贵族，甚至还有天子等。
公元前338年，秦孝公去世，太子驷即位，即秦惠王。这个时候商鞅的的危机就来了，没有了秦孝公的坚强后盾。
公子虔等人告发商鞅“欲反”，秦惠王下令逮捕商鞅。商鞅逃亡至边关，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，见他未带凭证，告以商君之法，留宿无凭证的客人是要治罪的。商鞅想到魏国去，但魏国因他曾生擒公子卬，拒绝他入境。
商鞅回秦后被迫潜回封邑商，发动邑兵攻打郑县（今陕西省华县），此时也是五路可走了，真正的孤家寡人一个，树敌太多。秦惠文君派兵攻打，结果商鞅失败战亡。
其尸身被带回咸阳，处以车裂后示众，也就是在商鞅死后，尸体被车裂的，不是活着被车裂。秦惠文王同时下令诛灭商鞅全家。商鞅虽然被害，但新法对秦国有用，秦惠文王看到了这点，并未被废除商鞅变法的东西。
