Ruizheng 的学习笔记

感谢 生信技能树 小洁老师

函数与参数

1. 形式参数与实际参数

   
   
   函数的几个概念
2. 写函数的函数
   function() {}

补充知识：绘图函数 plot()

x = rnorm(10); plot(x)
plot(iris[,1], col = iris[,5])

plot(iris[,1], col = iris[,5])

3. 默认参数
   作者会设计很多参数，但只有前1-n个是必须填的，其他的的参数都有默认值。
   
   默认参数

自己写一个小函数

g <- function(x){
  c(mean(x),median(x))
}

tips: 有多个输出结果时，将输出的结果组成一个向量; 当一个函数里需要返回多个值（比如有变量，有向量，有矩阵）时，我们要用list,而不是return

R包（R package）介绍

• R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例
• 也有的R包只有数据，没有函数
• 包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等
• 特定的分析功能，需要用相应的程序来实现

R包来源

1. CRAN网站 install.packages()
2. Bioconductor BiocManager::install()

3. github devtools::install_github()

   
   
   用于R包安装的函数

（国内）R包安装前需设置镜像

• tools–global option-packages
• 代码设置

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

R包安装和使用的逻辑

1. 安装包
   加载包
   使用包里的函数
2. 已安装、不加载，直接使用

通常用于实战中仅用一次的函数，也适用于两个包中的函数名有冲突的情况。

BiocManager::install()
dplyr::filter()

常见疑问

1. 大片提示信息

检查是否有error，没有就忽略

2. packages not available

• 包名写错
• 安装命令使用错误
• 本机的R语言版本与包所要求的版本不符 (极少)

3. 是否更新

懒惰策略，能不更新就不更新，除非一直报错
不想回答：安装命令加参数：update = F, ask = F

4.加载A包，报错B包不存在

下载那个不存在的包…

5.报错中有connection或url

网络问题
切换镜像，检查网络连接。如果都没有问题，运行

options(download.file.method = 'libcurl')
options(url.method='libcurl')

满分操作：判断式安装

if(!require(stringr))install.packages("stringr")

R包的使用场景

• 某流程代码中用到某些包
• 学绘图，用到ggplot2
• 别人的代码套自己的数据，报错不会改
• 大多数包里的函数规律一致，不需要单独学习，用到哪个函数学习那个函数
• 少数包的函数自有语法，例如ggplot2, dplyr等

R包如何使用-获取帮助

• 快速查看函数帮助文档

?max
help(max)

• 找R包介绍页面（CRAN或者Bioconductor）
• 少数R包有 Cheat sheet

R语言里的符号

() 函数
[] 向量、数据框取子集
[[]] 列表取子集
$ 数据框取列
= ,<- 赋值
== 判断是否相等
! 否定
{} 多行代码
井号# 注释
"" 字符串
:: 包::函数

认清函数与数据

函数
形式函数
实际函数
数据框或矩阵
列表
文件名
包

数据的读取

test = read.csv("ex3.csv")

• 常见分隔符：逗号 空格 制表符 (\t)
• 后缀名没有意义，只是人为定义的格式，约定俗成。在windows电脑上可以更好地绑定打开该文件的软件
• 本质都是纯文本

read.csv()
read.table()

直接读取如果失败，需要准备一些参数

R文件保存

write.csv()
save()
load()

Rproject组织形式

1. script .R
2. R文件 .RData
3. 数据 .csv .txt