安装软件、conda的重新安装及其使用

一、软件安装

软件安装可以参考Jimmy写的软件的安装代码：
生物信息学常见1000个软件的安装代码！
http://www.biotrainee.com/thread-856-1-1.html

安装软件时候

优先安装能解压直接用的那种，比如：wget命令；（二进制文件的安装，下载，解压，将其放进环境变量即可source一下）
其次考虑安装到conda环境中，再次考虑直接conda install XX，把它装到miniconda3/bin里；
最后可以考虑使用 configure make 这种安装方式。
另外还有脚本的安装命令，例如perl、python等。
还有系统版本自带的一些安装软件，例如yum，apt-get，cpan，cran，pip，binconda .....

对于每次安装都出现错误，牵扯到usr/local的结构时，或是某些安装路径的问题，尝试一下软件的绝对路径。

二、重新安装conda

不小心将conda删除，想重新安装。

1.彻底删除conda相关

进入.bashrc查看conda的原来的环境变量，找到conda的位置：/xx/xx/xx/xxxxxx，查看是否删除干净；然后重新进入.bashrc中，删除conda原来的环境变量，

vim ~/.bashrc

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/xx/xx/xx/xxxxxxx' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/xx/xx/xx/xxxxxxx/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/xx/xx/xx/xxxxxxxetc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/xx/xx/xx/xxxxxxx/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

2.重新安装

conda对应着Python的版本 ，查看自己所在的系统的python的版本，在官网上找到合适的conda的版本，通常情况下，下载miniconda（anaconda是包含一些常用包的版本，miniconda则是精简版，需要啥装啥，此处安装的是miconda）

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

（可以给其添加执行权限：chmod 777 Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh）
安装

bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

按照提示按回车键ENTER或者是yes；
在选择安装到的目录时，可以指定你想要安装的目录（/xx/xx/xx/xxxxxxx/）；设定的安装目录要和后边设置的环境变量保持一致；
在询问是否将miniconda添加到环境变量时，输入yes将自动添加到环境变量中，若是按回车键ENTER，则不会自动添加到环境变量中，后面需要自己手动添加；
不管是自动添加的环境变量还是手动添加的环境变量，都需要source ~/.bashrc
这样的话，才能用conda代替/xx/xx/xx/xxxxxxx/conda

可以用其进行测试。

conda -V

三、conda3设置python2的环境

1.安装conda的虚拟环境——python2（你创建的虚拟环境的名字）

conda create -n python2 python=2.7

2.转换到Python2的环境

conda activate python2
conda deactivate##退出当前环境

四、conda的基本命令

参考https://docs.conda.io/projects/conda/en/4.6.0/commands/clean.html

conda install XXXX ##安装软件
conda install -c bioconda XXXX ##安装生物类软件
# 建议直接去Anaconda网站(https://anaconda.org/) 搜索，使用提供的参考命令进行下载

conda uninstall XXXX  ## 卸载该环境中的某软件

conda info -e  ## 查看已创建的环境
conda remove -n XXXX --all  ## 移除某环境

conda list  ## 查看conda安装了哪些包
conda env list  ## 和 conda info -e 一样，查看安装的虚拟环境

......

五、报错

Collecting package metadata (current_repodata.json): failed

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/linux-64/current_repodata.json>
Elapsed: -

An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.
'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/linux-64'

解决方案：

1.连接网络的信号不好，重新尝试上述安装命令
2.若是重新尝试仍报错，更换下载源

vim ~/.condarc ##进入conda的配置文件

更换成清华的源，并将- defaults此选项进行移除；再重新尝试安装命令

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
show_channel_urls: true

查看下载源（镜像）

conda config --get channels

conda下载

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh
（可以给其添加执行权限：chmod 777 Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh）
安装
bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

按照提示按回车键ENTER或者是yes；
在选择安装到的目录时，可以指定你想要安装的目录（/data/mahuizhen/01-biosoft/miniconda3）
在询问是否将miniconda添加到环境变量时，输入yes将自动添加到环境变量中，若是按回车键ENTER，则不会自动添加到环境变量中，后面需要自己手动添加；


# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/data/mahuizhen/01-biosoft/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/data/mahuizhen/01-biosoft/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/data/mahuizhen/01-biosoft/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/data/mahuizhen/01-biosoft/miniconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

不管是自动添加的环境变量还是手动添加的环境变量，都需要source ~/.bashrc
这样的话，才能用conda代替/data/mahuizhen/01-biosoft/miniconda3/bin/conda

conda -V 可以用其进行测试。

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh