生豆从原产国到进口国，海运是主流的运输方式，其优点是不仅运费便宜、而且对环境的影响较小，其缺点是生豆可能较长时间暴露在温度高或湿气大的环境下、品质可能因此受到影响。
海运同时也是一套复杂性很高的程序，许多国家的海关都有冗繁的手续，造成生豆必须在炎热、潮湿的港口存放至少几个星期，有时甚至长达数月，这对生豆的品质同样有着不小的影响。
集装箱是海运的主要工具，一个集装箱最多可以装300个麻袋的生豆。有些生产商会将廉价的低品质生豆直接倒入集装箱，只用巨大的衬布盖住表面，便于烘焙商直接把生豆倒进进料站。
空运是生豆运输的另一个选项，可以大幅度压缩运输周期、从而有效保持生豆的品质，但因运费高昂、对环境的影响较大而仅应用于部分精品生豆的运输。运输问题是精品咖啡产业的一个瓶颈。
参考文献：《世界咖啡地图》/（英）詹姆斯·霍夫曼著，王琪、谢博戎、黄俊豪译/中信出版社2016年6月版。
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