一篇很有趣的生信分析tcga文章

7.56分TCGA免疫微环境脂肪酸代谢基因生信文章解析-第二集 https://b23.tv/YKmVQ9C

本文让我看了以后觉得妙不可言(大概是自己见识太少了罢)

1通过差异表达找出乳腺癌和癌旁组织间的差异表达基因。

2对差异表达基因的表达量关联生存时间进行批量单因素cox分析,进一步筛选出和生存相关的基因。

3 lasso cox分析(在共线性数据中筛选出关键的基因再做cox)得出FBG基因,就是和生存情况相关性显著的基因。大概就是差异基因,cox  lasso cox三次筛选。

4根据lasso cox模型求出FMI,就是基因风险系数,也是本文核心,提出了一个自己的预后指标。具体risk score好像就是用表达量乘以系数加和起来。

依据这个fmi可以中位将样本分成高低表达两组(包括特定基因也可以用这个办法作为分类指标),这两组就可以进行很多分析。

5对这两组进行肿瘤浸润分析,发现这个指标和不少细胞浸润性有关。还按照这个分组进行生存分析,发现有显著差异云云。

总的来说,相当精巧,是一种发现疾病指标

的套路文。依靠回归分析发现指标,再根据指标做分组再次生存分析。

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