由于我国特殊的网络环境,有时候我们通过conda无法顺利下载和安装生信软件,我们必须还得熟悉传统的软件安装方式,以备不时之需。
传统的软件安装方式包括:安装预编译版本的软件和从源代码安装软件。由于从源代码安装软件的编译过程非常缓慢,一般情况下优先安装预编译版本。
1.从ftp下载预编译版本的BLAST安装包
# 选择Linux系统安装包,复制链接地址,wget下载
# 也可使用浏览器下载后,通过FileZilla上传到服务器
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz`
2.解压缩软件
tar -zxvf ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz
解压缩后,在安装目录下的bin
文件夹下课看到可执行文件:
通过命令
./blastp -help
可以返回blastp的帮助文档,说明BLAST程序可成功执行:3.把程序的可执行文件添加到环境变量中
我们手动安装的预编译版本的软件,默认情况下是不会把可执行文件添加到系统的环境变量中去的,每次我们执行程序时,都需要使用程序的绝对路径,这样就非常麻烦。我们可以手动添加到环境变量中:
# cd 进入home目录中
cd ~
# 打开.profile文件
vim .profile
# 在.profile中加入添加环境变量的命令,其中export PATH=$PATH:后面是blast可执行文件的绝对路径
export PATH=$PATH:/mnt/h/Workspace/Biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin/
# 使添加的环境变量立即生效
source .profile
直接运行blastp程序,可以顺利执行,安装成功!