朱元璋打下天下后，为了加强对皇权的控制，至少做了两件事情，一是封诸王分驻国内腹里和各战略要地，建立藩屏，上卫国家，下安生民；二是朱元璋立朱标为太子，呵护备注，让其监国治政，作为理想接班人来培养。
对朱元璋来说，这本是件好事，然而当两件事联系起来看时，却发生了微妙的变化。朱标受命巡抚陕西，归来后，不久就患病死去了。朱标病死，朱元璋悲痛万分，又改立朱标次子朱允炆为太子。朱允炆继承帝位，是为建文帝，他实行了很多新政，其中就包括削藩政策。这引起了很多藩王的不满，藩王与朝廷开始决裂，当时最有实力的是燕王朱棣。朱棣与建文帝的矛盾日益激化。朱棣拒不服从削藩，誓师抗命，并打着“清君侧”旗号起兵“靖难”。当然这场战事的结果大家都知道，燕军渡江直逼南京城下。混战中，南京城内的皇宫起了大火，建文帝自此不知所踪，下落成谜。
伴随着建文帝的落败，忠于他的势力则遭受回毁灭性打击。
首先是他的妻儿。一般认为，建文帝有一位正妻，也就是惠帝皇后马氏，南京城陷之时“崩于火”。建文帝有两个儿子，长子朱文奎在混乱时随建文帝一起失踪，次子朱文圭则被朱棣幽禁于中都(凤阳)广安宫，并被废为庶人。朱文圭被关押长达半个世纪，直到明英宗朱祁镇第二次登基后才给放出来。此时的朱文圭已与外界隔绝日久，不识牛马，形同小孩。
其次是他的臣子。朱棣夺位后，对建文帝的臣子大开杀戒，残忍至极。这些大臣有的被剥皮楦草，有的被放入油锅，有的被割掉器官……种种酷刑，不一而足。这一时期，齐泰、黄子澄、方孝孺等名士都被杀害，其中受方孝孺牵连而死者共873人，充军等罪者达千余人。这些臣子的女眷则到教坊司当官妓，实行残酷的“转营”，不得赦免。
朱棣为何对建文帝和他的势力痛下杀手呢？原因其实很好理解。朱棣是造反称帝的，对所有人都心存戒备，有所猜忌，对前臣恨不得杀之而后快。当然，除了诛杀前臣，他还恢复了锦衣卫，并设立了东厂等特务机构，令亲信太监掌权。明朝从此逐步进入了宦官祸国的不良局面。
