免疫细胞浸润与生存预后及免疫治疗评价模型构建
适用范围：肿瘤与非肿瘤
类型：肿瘤免疫细胞浸润与生存预后及免疫治疗评价模型构建
研究背景:免疫疗法作为一种治疗多种癌症的有效方法，受到了广泛的关注。靶向细胞毒性 T 淋巴细胞相关抗原4 （CTLA-4）与细胞程序性死亡蛋白（PD1）的免疫检查点阻断疗法在许多癌症如转移性黑素瘤和非小细胞肺癌中有效。这些疗法试图通过抑制作为 T 细胞活性负调节因子的 PD1或 CTLA-4来刺激细胞毒性 T 细胞抗肿瘤免疫反应。尽管免疫检查点抑制剂治疗具有巨大的潜力，但并非所有患者的肿瘤对其反应良好。肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和肿瘤微环境都影响着免疫疗效的差异。肿瘤微环境的一个特别重要的方面是各种免疫细胞类型的浸润，这与患者的预后有关。TCGA的一项研究探索了泛癌背景下免疫浸润景观的转录组特征，并根据特定免疫功能的富集将实体瘤的免疫微环境分为六种类型，如伤口愈合、干扰素 γ 应答、炎症反应、淋巴细胞衰竭，免疫静息和转化生长因子-β (TGF-β)应答表型。从本研究结果表明肿瘤免疫微环境在不同的肿瘤类型中有不同的亚型，良好的预后与肿瘤特异性免疫特征有关。本文通过分析确定了免疫功能相关基因，这些基因对20种不同的癌症类型具有预后性症状显著性。通过分析已发表的免疫检查点抑制剂治疗黑素瘤，膀胱癌，肾细胞癌，非小细胞辐射诱发的肺癌和胃癌，表明癌症特异性免疫评分模型可以预测对这些免疫疗法的反应。
方法：
1.肿瘤scRNA-Seq分析确定具有免疫特征的主要亚群
2.对大量肿瘤 RNA-seq 数据的泛癌分析确定了与预后相关的两个主要免疫集群
3.癌症特异性免疫特征基因分析
4.癌症特异性预后免疫评分模型可预测20种癌症的无病生存期和总生存期
5.癌症特异性免疫评分模型可预测对免疫检查点抑制剂治疗的反应
总结
本文分析了泛癌免疫浸润的具有独特的具有预后意义与免疫治疗评价的意义，作者构建了癌症特异性的预后免疫评分，并验证了预后模型的准确性和预测免疫治疗反应的效用。文章收集了免疫浸润的基因集来进行预后分析，scRNA-Seq准确地在单细胞水平上表征实体瘤中的免疫浸润，为本文的后续结果提供了支撑。本文分析思路同样适用于肿瘤与非肿瘤样本，癌型有限，有需要的请后台留言。
