庆元元年（1195），宰相韩侂胄专权，朝中正直官员多自引退或被斥逐。四月，太府寺丞吕祖俭上疏力争，被贬韶州安置。林湜往谒新任右相余端礼说：“吕子约匆匆南行，奈何?叔世（吕祖俭字“叔世”）事不宜有，执奏收回，大臣责也。
丞相可不勉乎?”话一传开，一时“权近侧睨”。林湜遂力请外调，任湖北转运副使。不久，又被免职奉祠武夷山冲佑观，旋复起用知泉州。仕途坎坷，几起几落，于是，他请求告老。最后，在直龙图阁学士的职位上被批准告老归闲，并移居平阳松山(今浙江苍南桥墩镇)授徒讲学。
林湜与朱熹是在仕途中相识的，林湜敬佩朱熹的为人与学识，他虽只比朱熹小两岁，所任官职也不相上下，却常以学生自居。朱熹对他“执礼过恭”，每有“恐惧踧躇而无所避”之感，称赞他“所学之深，所守之正，其所蕴蓄盖已施之朝廷而见之于议论之实。”故朱熹在庆元五年（1199）因“伪学”案而避难闽东时，到长溪寻访的第一个主要对象便是林湜。对于落魄的朱熹，“士皆远嫌之”，而林湜“独执弟子礼不变”。朱熹在长溪讲学，与林湜互相切磋，成为患难之交。他陪同朱熹讲学访友于赤岸、巽城、桐山及浙东永嘉、雁荡、天台等地，为传播理学而奔波效力。
庆元六年（1200）正月，林湜写信托杨楫带给建阳的朱熹，极其恭敬地向他请安求教。朱熹在“气痞”，不能“久伏案几”的情况下，对林湜所请教的哲学问题和所查询的朋友近况，均作了诚恳的答复。
林湜性格爽朗，善恶分明，与朱熹和永嘉学派陈傅良、叶适等均有较深交往。陈傅良称他“薄海令名，当今大雅”。晚年的林湜专心致志研学传道，为理学文化的传承作出了重要贡献。嘉泰二年（1202）七月林湜病故，享年71岁，永嘉学派首领叶适为他作《墓志铭》。其子林介编辑其著述《槃隐集》十卷行世。当地祀其于乡贤祠。
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