接着上个帖子，这个帖子主要学习文字注释的一些技巧。
1. 文字注释
文本可以用anno_text()注释。图形参数由gp控制。
ha = rowAnnotation(foo = anno_text(month.name, gp = gpar(fontsize = 1:12+4)))
位置由location和just控制。旋转由rot控制。
ha = rowAnnotation(foo = anno_text(month.name, location = 1, rot = 30,
just = "right", gp = gpar(fontsize = 1:12+4)))
ha = rowAnnotation(foo = anno_text(month.name, location = 0.5, just = "center"))
location和just根据放置在热图中的注释的位置自动计算（例如，如果文本是热图的右注释，则文本向左对齐，如果它是左注释则向右对齐）。
宽度/高度是根据所有文本自动计算的。通常你不需要手动设置它的宽度/高度。
可以通过gp设置背景颜色。这里fill控制填充背景颜色，col控制文本颜色，border控制背景边框颜色。
可以看出，我们明确设置width为最长文本宽度的 1.2 倍。
ha = rowAnnotation(foo = anno_text(month.name, location = 0.5, just = "center",
gp = gpar(fill = rep(2:4, each = 4), col = "white", border = "black"),
width = max_text_width(month.name)*1.2))
与其他注释不同，默认情况下文本注释没有注释标题。标题可以在anno_text()通过设置show_name = TRUE被添加。
Heatmap(mat1) + rowAnnotation(month = anno_text(month.name[1:12], just = "center",
location = unit(0.5, "npc"), show_name = TRUE),
annotation_name_rot = 0)
2. 标记注释
有时热图中有很多行或列，我们想标记其中的一些。anno_mark()用于标记行或列的子集并用线连接到标签。anno_mark()至少需要两个参数：at、labels，其中at是原始矩阵的索引和labels相应的文本。
m = matrix(rnorm(1000), nrow = 100)
rownames(m) = 1:100
ha = rowAnnotation(foo = anno_mark(at = c(1:4, 20, 60, 97:100), labels = month.name[1:10]))
Heatmap(m, name = "mat", cluster_rows = FALSE, right_annotation = ha,
row_names_side = "left", row_names_gp = gpar(fontsize = 4))
Heatmap(m, name = "mat", cluster_rows = FALSE, right_annotation = ha,
row_names_side = "left", row_names_gp = gpar(fontsize = 4), row_km = 4)
3. 摘要注释
有一个特殊的注释anno_summary()只适用于一列热图或一行热图（我们可以说热图只包含一个向量）。它显示了热图中向量的汇总统计信息。如果相应的向量是离散的，则摘要注释显示为条形图，如果向量是连续的，则摘要注释是箱线图。 anno_summary()总是在热图分割时使用，以便可以在热图切片之间比较统计数据。
第一个示例显示了离散热图的摘要注释。条形图显示每个切片中每个级别的比例。热图切片的高度已经可以看到绝对值。条形图的颜色模式是从热图中自动获取的。
ha = HeatmapAnnotation(summary = anno_summary(height = unit(4, "cm")))
v = sample(letters[1:2], 50, replace = TRUE)
split = sample(letters[1:2], 50, replace = TRUE)
Heatmap(v, name = "mat", col = c("a" = "red", "b" = "blue"),
top_annotation = ha, width = unit(2, "cm"), row_split = split)
下面是个连续变量的例子：
ha = HeatmapAnnotation(summary = anno_summary(gp = gpar(fill = 2:3),
height = unit(4, "cm")))
v = rnorm(50)
Heatmap(v, name = "mat", top_annotation = ha, width = unit(2, "cm"),
row_split = split)
通常我们不会绘制这个单列热图。它总是与其他“主要热图”结合在一起。
m = matrix(rnorm(50*10), nrow = 50)
ht_list = Heatmap(m, name = "main_matrix")
ha = HeatmapAnnotation(summary = anno_summary(height = unit(3, "cm")))
v = sample(letters[1:2], 50, replace = TRUE)
ht_list = ht_list + Heatmap(v, name = "mat1", top_annotation = ha, width = unit(1, "cm"))
ha = HeatmapAnnotation(summary = anno_summary(gp = gpar(fill = 2:3),
height = unit(3, "cm")))
v = rnorm(50)
ht_list = ht_list + Heatmap(v, name = "mat2", top_annotation = ha, width = unit(1, "cm"))
split = sample(letters[1:2], 50, replace = TRUE)
lgd_boxplot = Legend(labels = c("group a", "group b"), title = "group",
legend_gp = gpar(fill = c("red", "blue")))
draw(ht_list, row_split = split, ht_gap = unit(5, "mm"),
heatmap_legend_list = list(lgd_boxplot))
4. 缩放或者链接注释
anno_mark()将热图上的单行或单列连接到标签，注释功能anno_link()将行或列的子集连接到可以添加更全面图形的绘图区域。
m = matrix(rnorm(100*10), nrow = 100)
subgroup = sample(letters[1:3], 100, replace = TRUE, prob = c(1, 5, 10))
rg = range(m)
panel_fun = function(index, nm) {
pushViewport(viewport(xscale = rg, yscale = c(0, 2)))
grid.rect()
grid.xaxis(gp = gpar(fontsize = 8))
grid.boxplot(m[index, ], pos = 1, direction = "horizontal")
popViewport()
}
anno = anno_link(align_to = subgroup, which = "row", panel_fun = panel_fun,
size = unit(2, "cm"), gap = unit(1, "cm"), width = unit(4, "cm"))
Heatmap(m, name = "mat", right_annotation = rowAnnotation(foo = anno), row_split = subgroup)
anno_link() 也适用于列注释。
5. 多重注释
要在HeatmapAnnotation()中放置多个注释，只需将它们指定为名称-值对。在HeatmapAnnotation()中，有一些参数控制多个注释。对于这些参数，它们被指定为长度与注释数量相同的向量，或具有注释子集的命名向量。被指定为向量、矩阵和数据框的简单注释将自动在热图上有图例。show_legend控制是否为它们绘制图例。
注意：如果show_legend是向量，则show_legend的值应为以下格式之一：
长度与简单注释数量相同的逻辑向量。
一个与totla注释数量相同长度的逻辑向量。复杂注释的值将被忽略。
用于控制简单注释子集的命名向量。
除此之外，注释还有很多样式的控制参数。比如：gp控制简单注释的图形参数（除了fill），例如注释网格的边框。
border控制每个注释的边界。 show_annotation_name控制是否显示注释名称。如前所述，该值可以是单个值、向量或命名向量。
annotation_name_gp, annotation_name_offset,annotation_name_side和 annotation_name_rot控制注释名称的样式和位置。后三个可以指定为命名向量。如果 annotation_name_offset指定为命名向量，则可以指定为字符而不是unit对象：annotation_name_offset = c(foo = "1cm")。annotation_label参数设置注释的替代标签。
gap控制每两个相邻注释之间的空间。该值可以是单个值或单位向量。
height, width,annotation_height并annotation_width控制完整热图注释的高度或宽度。通常你不需要设置它们，因为所有单个注释都有固定的高度/宽度，整个热图注释的最终高度/宽度是它们的总和。
ha = HeatmapAnnotation(foo = 1:10,
bar = cbind(1:10, 10:1),
pt = anno_points(1:10),
show_legend = c("bar" = FALSE)
)
Heatmap(matrix(rnorm(100), 10), name = "mat", top_annotation = ha)
