1-4 cuttag尝试中的一些图和数据

  1. Alignment summary
    发现数据的匹配率很低，比如：
    O1_L1样品的bowtie2.txt为：
    26594607 reads; of these:
    26594607 (100.00%) were paired; of these:
    21188420 (79.67%) aligned concordantly 0 times
    4815219 (18.11%) aligned concordantly exactly 1 time
    590968 (2.22%) aligned concordantly >1 times
    20.33% overall alignment rate

基本上在60%以下

  1. mapped fragment size distribution


    fig_fraglen_line.jpg

    会有点奇怪，length很类似，但是怎么有点丑，峰相对集中在200处，但是在200这里有很多小峰

  2. 评估样本再现性，得到层层次聚类矩阵


    image.png

4.seacr的peaks文件，用R进行表格整理


image.png

  1. IGV初步能出现东西！
    这是输入sall4之后得到的图。仅仅调整了第一行为蓝色


    image.png

  2. 分析histone enrichment around genes


    Histone_gene.png

  3. masterpeaks


    masterpeaks

8、从merge peaks list里提取每一个peak的fragment counts


fragment counts for each peaks
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