先设置resolution为大众化的0.5,初步鉴定各分群是什么细胞,观察感兴趣的分群形状是否有继续分群的趋势。
采用clustree可视化不同resolution下各分群的裂变情况
res_used <- c(0.5,0.8,1.0,1.2,1.5)
for(i in res_used){
res_tree <- FindClusters(object = sce.mergeTEN, verbose = T, resolution = res_used)
}
library(clustree) #install.packages("clustree")
clus.tree.out <- clustree(res_tree) +
theme(legend.position = "bottom") +
scale_color_brewer(palette = "Set1") +
scale_edge_color_continuous(low = "grey80", high = "red")
clus.tree.out #圆圈的大小代表细胞数目 #箭头的灰色和红色表示分支过去的细胞数
#存图
可以非常清晰的看到,随着resolution的调高,具体是哪些群在不停地继续裂变成为多个群,并根据研究目的选择合适的resolution