单细胞分析FindClusters如何选择resolution

先设置resolution为大众化的0.5,初步鉴定各分群是什么细胞,观察感兴趣的分群形状是否有继续分群的趋势。

采用clustree可视化不同resolution下各分群的裂变情况

res_used <- c(0.5,0.8,1.0,1.2,1.5)

for(i in res_used){

  res_tree <- FindClusters(object = sce.mergeTEN, verbose = T, resolution = res_used)

library(clustree) #install.packages("clustree")

clus.tree.out <- clustree(res_tree) +

  theme(legend.position = "bottom") +

  scale_color_brewer(palette = "Set1") +

  scale_edge_color_continuous(low = "grey80", high = "red")

clus.tree.out #圆圈的大小代表细胞数目 #箭头的灰色和红色表示分支过去的细胞数

#存图

可以非常清晰的看到,随着resolution的调高,具体是哪些群在不停地继续裂变成为多个群,并根据研究目的选择合适的resolution

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