公元13世纪时，罗马帝国灭亡后逐渐建立起来的综合体系已完备得无以复加。14世纪带来了各种制度和各派哲学的瓦解，15世纪则带来了今天被认为是近代事物的开端。
本世纪初叶的中心人物是教皇英诺森三世（1198-1216）。神圣罗马皇帝亨利六世征服西西里后与诺曼族执政女王康斯坦丝结婚，其子为腓特烈二世。1212年，腓特烈二世在教皇兼监护人的支援下接替奥托四世当选皇帝。英诺森三世是第一个没有神圣素质的大教皇。当时教会的改革使教阶制对它的道德威信感到安全，因而确信无需挂虑圣洁问题，自此权力的动机日益专擅地支配了教廷。为增加教廷权力，他将教规编成的法典被瓦尔特·封·德尔·弗格尔瓦伊德称为“地狱给予人类的一本最黑暗的书”。教廷虽仍取得一些显赫的胜利，但日后衰落的景象可以由此预见。
英诺森三世死后，腓特烈二世与新任教皇霍诺留斯三世发生纠葛。腓特烈拒绝参加十字军，又和伦巴第诸城发生纷争，伦巴第诸城订立攻守同盟，仇恨日耳曼人。霍诺留斯死后，格里高利九世继任，因腓特烈不参与十字军而给其破门处分。但腓特烈娶耶路撒冷王的公主兼王位继承者后，于1228年参军前往耶路撒冷，且成功劝回教徒将耶路撒冷和平地返还。无论是在破门期间领导十字军，还是与异教徒和谈而非作战，都使教皇感到恼怒。但最终腓特烈在耶路撒冷被正式加冕为耶路撒冷国王。1230年，教皇与皇帝休战。
此后有短暂的和平时期，但由于腓特烈和伦巴第联盟于1237年重开战端而告终。教皇与联盟诸城命运与共，将皇帝再次开除教籍。直至1250年腓特烈二世死去时为止，残酷诡谲的战争不断，但胜败未可预卜。但试图继承腓特烈事业的皇帝们逐次败北，使意大利四分五裂，教皇取得胜利。
1243年，腓特烈的死敌英诺森四世当选教皇。英诺森拒绝接受皇帝的任何建议，使尽权谋术数反对皇帝。这使腓特烈二世日益残酷，对密谋者施以酷刑。尽管腓特烈在文化上是开明的，但在政治上是反动的。当时反抗教皇的力量是虔诚和民主的，但他的目的却似恢复异教的罗马帝国。他并未试图联合异端者和自由城市的力量，而是打击他们。最终他无可避免地失败了，然而在历史上所有的失败之中，他的失败却是最有兴趣的一个。
异端的广泛传播，部分是由于十字军战败所产生的沮丧情绪，但主要是由于对僧侣阶级的富有和恶行的道德上的憎恶。当时流行着一种类似后世清教主义般的崇尚个人圣洁的心理，这种心理是与崇拜清贫连在一起的。
教会愈以宗教的理由要求教权高于一切，民主愈为教会的言行不符而震骇。最终导致宗教改革的同一动机，在13世纪中已在起着作用。其间主要的区别在于这时的俗界统治者还不敢把自己的命运和异端结合，而这大半由于这时还没有一种现存的哲学能把异端教义与国王们对统治权的要求调和起来。
异端中使人最感兴趣的，最庞大的一派是清洁派，他们在法兰西南部以阿尔比派著称。他们的教义经由巴尔干诸民族由亚洲传来，在意大利北部广为流布，在法兰西南部受到绝大多数人信仰，包括乐于寻求借口用以没收教会地产的贵族。清洁派似乎是二元论者，类似诺斯替教派认为耶和华是邪恶的造物主、物质在本质上是邪恶的。相信善人死后无肉体复活，恶人遭受轮回之苦而投生为动物，因而都是素食主义者。憎恶一切性行为，对自杀却无异议。该派严格的教规只让被称为“完人”的特别圣洁的人遵守，其余的人可以吃肉或结婚。
1209年，英诺森三世号召法兰西王发起十字军对阿尔比派进行残暴讨伐，并在攻克卡尔卡松后发起骇人听闻的大屠杀。1233年，格里高利九世设立宗教裁判所(Inquisition)接办主教搜索异端的工作。1254年后，凡由宗教裁判所起诉的人不准有辩护人，一经定罪即没收财产。除处理异端案件外，也审问妖术和魔法。工作多半由道明会和方济各会的僧侣负责。在西班牙，宗教裁判所的主要活动针对秘密的犹太教徒。这种裁判制度从未渗入英格兰和斯堪的纳维亚，但英格兰人却毫不犹豫地利用它惩戒圣女贞德。宗教裁判所设立后很快彻底肃清了阿尔比派。
另一个流行颇广的异端是瓦勒度派（“里昂穷人派”）。他们是彼得·瓦勒度的信徒，厉行安贫乐道的生活，决定凡是善良的人都有资格传道讲经，自行指派传教士并废除了天主教祭司的礼拜仪式。他们传布到伦巴第后，扩展到波西米亚。阿尔比派受迫害时他们也受到影响，很多人逃往皮埃蒙特。关于他们在皮埃蒙特遭受的屠杀，约翰·弥尔顿在On the Late Massacre in Piedmont中写道“噢，上帝，为遭受屠戮的众圣徒复仇吧”。
亚西西的圣方济各是历史上最可爱的人物之一。他曾出于怜悯心而亲吻了一名麻风患者，不久决意放弃所有属世的财物并献身于传道和慈善事业。他和追随者们都立誓过清贫生活，他们曾因与“里昂穷人”相似而被怀疑。圣方济各派遣的第一批传教士竟被当作异端，因为他们的确力行清贫，而不像修道僧那样口是心非。他希望以最严格的方式解释清贫誓约，反对信徒们占有房产或教会，要求他们以行乞为生，除受人款待外不得有住所。
论圣洁也有和方济各不相上下的人，但他那乐天的态度、博爱的精神和诗人的才华却使他超然立于其他圣者之上。齐拉诺的托马斯(Thomas of Celano)说，他是众圣徒中是一个超圣徒，在众罪人中他是他们中的一个。然而，圣方济各的继承人变得穷奢极欲，全面容许放弃清贫的生活。他一生努力的结果只不过在于开创了一个更富有和腐化的教团，用以加强教阶制度，助长对所有道德忠信和思想自由的优秀人物的迫害。从他自己的宗旨和品德来看，我们当真无法想象世界上还有什么结局比这个更令人苦笑的了。
圣道明的主要宗旨是攻击异端，并以贫穷为达到这一目的的手段。道明会于1215年为教皇英诺森三世建立，并迅速取得成功。道明会僧侣致力学术，尽管圣道明曾命令门下的托钵僧们“除经特别许可外不得学习俗界科学和文艺”。他们致力于调和亚里士多德和基督。艾尔伯图斯·麦格努斯和托马斯·阿奎那都属于道明会。
我所知道的圣道明所有的一点人情味就是他对撒克森尼人约旦(Jordan of Saxony)的自白：在青年妇女和老年妇女间，他更多地喜欢同青年妇女谈话。公元1242年教团发出一项庄严的教令指出这段记载，必须从约旦著的《道明传》中删掉。
虽然方济各会僧侣比道明会僧侣厌恶学问，但在紧接的下一个时期中，哲学界的伟大人物，如罗杰·培根、邓斯·司各脱和奥卡姆的威廉，却都是方济各会僧侣。
