miRNA靶基因预测常用数据库
Newyee 关注
2018.07.25 23:52 字数 1107 阅读 988评论 0喜欢 2
miRNA自从被发现以来，一直备受关注，俨然已成为非编码RNA家庭中永不凋零的“玫瑰”。关于miRNA，主要有两个研究方向，其一是作为biomarker，这方面研究仅需足够庞大的临床样本支撑即可；miRNA的另一研究方向为功能机制研究，此时必须有miRNA靶基因的参与，可是如何确定miRNA调控的靶基因呢？常用miRNA靶基因预测分析数据库如下：
1.TargetScan
TargetScan数据库是大家比较常用的预测miRNA靶基因数据库，主要通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因。该数据库提供人、小鼠、大鼠、奶牛、狗、猩猩、恒河猴、负鼠、鸡和青蛙等动物信息。最新更新时间为2015年8月，版本为V7.0。
该数据库支持通过miRNA预测靶基因，也支持通过mRNA预测相关的miRNA。
2.PITA
该数据库基于靶位点的可接性(target-site accessibility)和自由能预测miRNA的靶标，是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。主要包含human、mouse、fly和worm的信息，使用者可以通过miRNA预测靶基因，也可以通过mRNA预测miRNA信息，无论是miRNA还是mRNA均可通过提供name或ID进行分析。
链接：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_dyn_data.html
该数据库允许对靶关系的预测和下载。
3.miRBase
miRBase数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。该数据库于2014年6月更新为最新版本V21.0，包含223个物种的35828个成熟的miRNA序列。该数据库提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息（仅包含已有的靶标信息，所以会出现部分miRNA靶标信息无的现象）。该数据库用于miRNA信息查询较多，靶关系预测较少。
使用者可利用miRNA的name、ID、染色体位置、序列进行搜索、查询相关信息。
4.microRA.org
该数据库提供了关于人类、小鼠、大鼠、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱，支持通过miRNA预测靶基因，也支持通过mRNA分析相关的miRNA。最新更新时间为2010年，好久不更新啦~
5.miRTarBase
该数据库主要收集的是被实验验证的miRNA靶标，同时提供支持搜索结果的文献或方法，最新更新于2015年9月。该数据库支持浏览、搜索和数据下载。
链接：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/
该数据库可以通过不同方面进行查询，例如miRNA、gene、disease、pathway等。
6.starBase V2.0
该数据库采集了6000多份样本，14种癌症来自于37个独立研究的108份CLIP-seq数据，同时辅助降解组实验数据搜寻miRNA的靶标，提供了各式各样的可视化界面去探讨miRNA靶标。除了miRNA和靶标mRNA之间关系，该数据库还进行lncRNA、circRNA、protein与mRNA之间的相互作用分析，并分析了ceRNA机制。该数据库主要包含人、小鼠、线虫3个物种信息。
链接：http://starbase.sysu.edu.cn/
注：本数据库更倾向于利用mRNA搜索相关miRNA信息哦。
除上述比较常用的数据库外，还有MicroRNAdb、miRWalk、PicTar、RNA22等miRNA靶基因预测分析数据库，但这些数据库与以上所列数据库除了鉴定靶基因标准有些许差异外，其他方面大同小异。
