自己也是入门生信很久了,但总是这学点,那学点,真要问会什么,却又都不精通。
今天开始,希望自己能够认真记录点点滴滴,争取早日掌握一门吃饭的技艺。
一个完整转录组学习正式开始
(感谢基因课)
重复文章——Transcriptome analysis of an apple (Malus × domestica)yellow fruit somatic mutation identifies a gene networkmodule highly associated with anthocyanin and epigeneticregulation
1. 查找文章上传数据登录号
Illumina sequencing of the pooled RNA-seq libraries yielded 24FASTQ files of sequences (PRJNA287523/SRP062637) with atotal of 327.5 million reads passed the Illumina Casava pipeline 1.8(Supplementary Table S3).
2.登录NCBI下载
登录NCBI→选择SRA→输入SRA登录号→Search→Send to→Run Selector→Go→prefetch SRR2176358→自动存到根目录下的ncbi/ 目录中 (prefetch 仅是演示下载一个数据,多个数据可以直接点Accession List,详情百度。官方下载数据方法,但不稳定,效果差 。)
3.sra-explorerg工具(最好可以fanqiang)
https://sra-explorer.info/
直接搜索登录号→Title→Add→点击购物车→选择Aspera(高速下载)→复制链接(仅演示一个数据下载)→粘贴Linux。(很明显的网速提升)
#如没有:Aspera 安装
1. wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.1/ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz
2. tar zxvf ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz
3. sh ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh
4. #添加环境变量
cd ~
vi .bashrc
echo export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH'
source .bashrc
5. ascp 回车 出现ascp教程即成功。
批量下载,我想大家应该也都会,下期开头我会简单介绍一下。