文件夹与文件管理命令（pwd, ls, cd, mkdir, touch,mv, rm, cp, tar, ln）
默认符号
快捷键
前四个要熟记于心
正则表达式
情景一：打开指定的文件夹并查看内容（查看已存在的）
cd：change the shell working directory
常见参数：没有
常见用法：cd [路径/目录]
cd .. ## 切换到上层目录，相对路径
cd ../.. ## 切换到上上层目录，相对路径
cd / ## 切换到根目录
cd /bin ## 切换到根目录下的bin，绝对路径
cd ~ ## 回到用户家目录
cd ## 同上，回到用户家目录
cd - ## 返回上一次的工作目录
举例：三种方式回到家目录
ls：List information about the FILEs
常见参数：
-a ## 列出全部的文件，连同隐藏文件也一起列出来 all
-l ## 列出目录的详细信息 long
-h ## 将目录容量转换为以人类易读的方式(例如GB, KB 等等) human
-S ## 以文件大小排序
-t ## 以时间排序
常见用法：ls [参数] [路径/目录/文件名]
ls ## 列出当前目录的文件
ls ./ ## 同上，‘.’号代表当前目录
ls ./*txt ## 列出当前目录下以txt 结尾的文件
ls ../ ## 列出上层目录的文件
ls -a ## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件
ls -l ## 列出当前目录下文件的详细信息
ll ## 等同ls -la ，自定义的别名
ls -lh ## 加上-h 参数，以K、M、G 的形式显示文件大小
ls -lh / ## 列出根目录下文件的详细信息
举例：ls -lh以易读的方式显示：
第一列是文件类型；第三列是所有者；第四列是属组
ls -lS 按大小排序
ls -lt 按时间排序
ll 显示所有详细信息；等于ls -l
ll -th 按时间和易读的方式列出所有文件详细信息（最常用）
自行组合实验：
课后练习：
情景二：新建一个文件夹, 在里面创建文件（创建不存在的文件）
mkdir：make directory(ies)
常见参数：-p/--parents，递归创建目录
常见用法：mkdir [-p] 目录名
新建一个文件夹不需要-p参数；新建嵌套文件夹需要-p参数。
命名规则
tree
touch：新建文件
常见参数：没有
常见用法：touch file
注：file之间不需要加任何符号
情景三：文件搬搬搬搬——移动、重命名、复制和删除
cp：copy and paste
常见参数：-r, copy directories recursively
常见用法：cp [OPTION] SOURCE DIRECTORY
rm：remove
常见参数：
-f ## force不显示警告讯息
-i ## 在删除会先询问用户（交互式删除），开始学习建议加这个参数。
-r ## 递归删除文件夹，删除文件夹一定要加-r
rm –rf /
常见用法：rm [-option] file
多点几次tab，会出现让你选择哪个文件的提示
练习：
碰到的问题，我想把file1-5移到test2文件夹，直接用了mv file* test2/这个命令，这是错的，因为file1-5是在test3文件夹里面，向上移动要从家目录开始设置路径才对：
正确如下：
再次体会，把file1-5移到test3文件夹：
要先cd到要移动的文件所在的文件夹，再去mv，mv路径要设置正确，mv后要cd到移动的位置，再查看是否移动成功。
情景四：创建软连接
为啥要用软连接？没必要浪费太多的电脑硬盘空间。
•跟cp有啥差别？cp不香吗？
ln：Link 链接，分软链接（常用）和硬链接（默认）.
常见参数：不加参数即为硬链接，加上–s 参数即为软链接，
软链接的作用类似快捷方式
常见用法：ln –s TARGET DIRECTORY
举例：
一定要用绝对路径
情景五：压缩文件怎么处理呢？
tar：tape archive 压缩或者解压文件.
常见参数：
-c ## 创建一个新的tar归档文件（创建压缩文件）
-x ## 从已有tar归档文件中提取文件（解压缩）
-f ## 输出结果到文件或设备
-v ## 在处理文件时显示文件（显示处理进度）
-j ## 将输出重定向给bzip2命令
-z ## 将输出重定向给gzip命令
常见用法：
解压：tar [参数] [待解压包]
压缩：tar [参数] <压缩后文件名> [待压缩文件/目录]
gzip最为常用：
打包是指将一大堆文件或目录变成一个总的文件
压缩是将一个大的文件通过一些压缩算法变成一个小文件。
Linux 中很多压缩程序只能针对一个文件进行压缩，这样当你想要压缩一大堆文件时，你得先将这一大堆文件先打成一个包（tar命令），然后再用压缩程序进行压缩（gzip、bzip2或zip命令）。
相当于把很多的衣服先塞进真空袋（打包），将真空袋抽真空减小体积（压缩）
文本查看、操作、统计命令（• head/tail，cat/tac，less/more • wc，sort，uniq • cut，paste）
情景一：文件看看看看看看
cat：小心刷屏
cat： concatenate 查看文本文件的内容，输出到屏幕
常见参数：-A ## 列出所有内容，包括特殊字符，如制表符；方便我们判断是空格还是tab
-n ## 打印出所有行号
-b ##仅打印非空白行行号
常见用法：
在屏幕上看到的叫做标准输出流，关掉之后即消失，如果想要保存关键的内容或者分析结果，比如后续转录组分析的结果，则需要重定向到一个文件，这样才可以保存下来。
输入ctrL+c才表示保存完成，类似于命令执行过才可以被翻到。
其他：
zcat：可以查看压缩的文本文件
tac：逆向查看
head / tail：查看文件的前/后n 行，默认10 行
常见参数：-n
重点：head常结合管道符|用于控制输出行数
命令1的输出
|
命令2的输入
eg: cat myfile | head -10
（不常用）more 文件名：逐页查看，按空格翻页，按回车换行，q退出
less （加强版的more）: less [参数] 文件名
less进入了一个全新的空间，不会显示在标准输出流；而more会显示在标准输出流。
常用参数：
-N：显示行号
-S：单行显示
• 上下左右键查看文本内容
• Enter键向下移动一行
• 空格键翻页
• q键退出
在使用less时不要随意按动键盘噢；自行搜索“linux less”查看更多内容
自行查找设置xshell默认显示行数
zless：查看压缩文件
情景二：文件统计
wc：统计文本
常见参数：
-l 统计行数
-w 统计字符串数
-c 统计字节数
cut：文本切割
常见参数：
-d 指定分隔符，默认\t（tab）；
-f 输出哪几列（字段fields），必须要有的参数，不然linux会罢工。
显示单列：
显示多列：
‘h’前是一列，h后是一列，取第一列
显示第二列前10行
3,2,1仍然是原来的顺序，没有倒着来
sort：排序
常见参数：
-n：按照数值从小到大进行排序
-V：字符串中含有数值时，按照数值从小到大排序
-r：逆向排序
-k：指定区域
-t：指定分隔符
字符串和数字按照从小到大排序时：
uniq：去除重复行，当做sort的跟屁虫即可。
常见参数：
-c：统计每个字符串连续出现的行数
只去除相邻的重复行!如下没有sort不相邻的重复行没有去掉：
对比先sort再uniq：
统计每个结果出现了多少次：
paste：文本合并
常见参数：
-d：指定分隔符
-s：按行合并
常见用法： 1. paste file1 file2
2. seq 20 | paste - -
tr：字符替换
常见参数：
-d：删除指定字符，举例如下。
不可以直接替换成空字符串，举例如下：
-s：缩减连续重复字符
空格‘ ’替换成‘’，举例如下：
空格‘ ’替换成‘\n’，即换行，举例如下，但替换多个**就不可以，即替换前后都要是一个字符：
练习题：
3：
(base) Mar23 08:51:58 ~/Data
$ cat example.gtf | cut -f 9 | cut -d ';' -f 1 | head
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
gene_id "ENSG00000223972"
4：
(base) Mar23 08:53:20 ~/Data
$ cat example.gtf | cut -f 9 | cut -d ';' -f 1 | sort | uniq -c
8 gene_id "ENSG00000177693"
15 gene_id "ENSG00000184731"
3 gene_id "ENSG00000221311"
3 gene_id "ENSG00000222623"
19 gene_id "ENSG00000223972"
4 gene_id "ENSG00000227061"
83 gene_id "ENSG00000227232"
8 gene_id "ENSG00000233004"
3 gene_id "ENSG00000233750"
15 gene_id "ENSG00000237613"
12 gene_id "ENSG00000237683"
18 gene_id "ENSG00000238009"
12 gene_id "ENSG00000239368"
4 gene_id "ENSG00000239906"
4 gene_id "ENSG00000239945"
3 gene_id "ENSG00000240361"
3 gene_id "ENSG00000240786"
4 gene_id "ENSG00000241599"
8 gene_id "ENSG00000241860"
8 gene_id "ENSG00000243485"
5：
(base) Mar23 08:54:13 ~/Data
$ cat example.gtf | cut -f 9 | cut -d ';' -f 1 | sort | uniq -c | tr ' ' ':'
::::::8:gene_id:"ENSG00000177693"
:::::15:gene_id:"ENSG00000184731"
::::::3:gene_id:"ENSG00000221311"
::::::3:gene_id:"ENSG00000222623"
:::::19:gene_id:"ENSG00000223972"
::::::4:gene_id:"ENSG00000227061"
:::::83:gene_id:"ENSG00000227232"
::::::8:gene_id:"ENSG00000233004"
::::::3:gene_id:"ENSG00000233750"
:::::15:gene_id:"ENSG00000237613"
:::::12:gene_id:"ENSG00000237683"
:::::18:gene_id:"ENSG00000238009"
:::::12:gene_id:"ENSG00000239368"
::::::4:gene_id:"ENSG00000239906"
::::::4:gene_id:"ENSG00000239945"
::::::3:gene_id:"ENSG00000240361"
::::::3:gene_id:"ENSG00000240786"
::::::4:gene_id:"ENSG00000241599"
::::::8:gene_id:"ENSG00000241860"
::::::8:gene_id:"ENSG00000243485"
第二章小节
