蛋白互作研究利器,一起谈谈酵母文库构建

酵母文库类似于一个储存大量外源基因片段的仓库,利用酵母细胞作为载体,将外源基因片段插入到酵母菌内,形成一个包含大量基因片段的集合。酵母文库可以用于研究基因的功能、表达、互作等各个方面,是生物学研究中的重要工具之一。当把我们研究的目标基因成功构建到载体上,并成功构建酵母文库,可以便捷得用于包括筛库等各项后续实验。

通过酵母文库技术,可以构建全基因组的蛋白质互作网络,分析蛋白质的结构、功能、调控和演化,发现新的蛋白质和信号通路。如酵母双杂是利用酵母文库研究蛋白质互作的经典策略。

利用酵母文库进行蛋白组学、基因组学等研究,不仅更加经济便捷,而且被广泛认可。

酵母文库构建,有两种常用的方法:

SMART扩增技术和Gateway重组技术,具体选择哪种方法进行文库构建,RNA的起始量是选择的一个重要依据。

一、SMART法

SMART技术是由Clontech于1996年开发的,SMART的出现是一个里程碑,SMART是Switching Mechanism At 5’ end of the RNA Transcript的缩写,最初用于构建哺乳动物cDNA文库,后来也用于构建酵母cDNA文库。

1. SMART技术原理

在合成cDNA的反应中事先加入的3’末端带Oligo(dG)的SMART引物,由于逆转录酶以mRNA为模板合成cDNA,在到达mRNA的5’末端时碰到真核mRNA特有的“帽子结构”,即甲基化的G时,会连续在合成的cDNA末端加上几个(dC),SMART引物的Oligo(dG)与合成cDNA末端突出的几个C配对后形成cDNA的延伸模板,逆转录酶会自动转换模板,以SMART引物作为延伸模板继续延伸cDNA单链直到引物的末端,这样得到的所有cDNA单链的一端有含Oligo(dT)的起始引物序列,另一端有已知的SMART引物序列,合成第二链后可以利用通用引物进行扩增。由于有5’帽子结构的mRNA才能利用这个反应得到能扩增的cDNA,因此扩增得到的cDNA就是全长cDNA。

2.SMART法实验流程

二、Gateway法

Gateway技术是由Invitrogen于1999年开发的,最初用于构建无限制性酶切位点的克隆载体,后来也用于构建酵母文库。

1.Gateway技术的原理

利用细菌噬菌体λ的重组系统,将特异性的重组序列加到DNA片段的两端,从而实现不同载体间的DNA转移。Gateway重组技术包括两个步骤:BP反应和LR反应。BP反应是将目的基因片段与载体进行重组,形成Entry克隆。LR反应是将Entry克隆与目的载体进行重组,形成Expression克隆。Gateway重组技术的优点是可以快速、高效、准确地构建文库,而且可以方便地将基因片段转换到不同的载体中。

2.Gateway法实验流程

三、建库材料选择

酵母酵母文库构建的材料可以选择植物组织、动物组织/细胞、菌液或完成提取未降解的RNA。

提取的RNA经琼脂糖凝胶电泳应能清晰看到28S和18S两条带;经分光光度仪检测,OD260/OD280应在1.8-2.2之间,OD260/OD230应大于2。

四、Q&A

1.如何选择酵母文库构建技术?

SMART 文库所需 RNA 总量低,进行均一化处理有效降低基因的冗余,富集低丰度表达基因。一步重组,实验周期更短。

Gateway 酵母文库需要总 RNA 量较高,但是采取分离 mRNA 的方法,不经过 PCR 过程所以不会导致基因过度冗余,但可能会出现低丰度表达基因的丢失。

2.如何进行文库质检?

可以选择常规方法挑取24个单克隆,通过琼脂糖凝胶电泳,确认插入基因的片段大小。

可以选择通过全测序文库,对建成的酵母文库进行全测序,准确了解文库中成功构建了哪些基因,基因序列是怎样的。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容